Publications

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Mathématiques discrètes et algorithmique
Informatique pour la biologie
Informatique pour le traitement
des langues et des textes
Visualisation

Articles de revues internationales

• [J19] 2024 : Frédérique Bordignon & Philippe Gambette,
  A Corpus of Critical Citations Contexts,
  JOHD (Journal of Open Humanities Data), 10, article 39 [DOI, données, scripts].
• [J18] 2022 : Olga Seminck, Philippe Gambette, Dominique Legallois & Thierry Poibeau,
  The Evolution of the Idiolect over the Lifetime: A Quantitative and Qualitative Study of French 19^th Century Literature,
  Journal of Cultural Analytics, 7(3), p. 1-26 [DOI, scripts et données].
• [J17] 2021 : Olga Seminck, Philippe Gambette, Dominique Legallois & Thierry Poibeau,
  The Corpus for Idiolectal Research (CIDRE),
  JOHD (Journal of Open Humanities Data), 7, article 15 [DOI, données].
• [J16] 2020 : Mathilde Bouvel, Philippe Gambette & Marefatollah Mansouri,
  Counting Phylogenetic Networks of Level 1 and 2,
  JOMB (Journal of Mathematical Biology) 81, p. 1357-1395 [DOI].
• [J15≈C8+C7] 2018 : Philippe Gambette, Andreas Gunawan, Anthony Labarre, Stéphane Vialette & Louxin Zhang,
  Solving the Tree Containment Problem in Linear Time for Nearly Stable Phylogenetic Networks,
  DAM (Discrete Applied Mathematics) 246, p. 62-79 [DOI].
• [J14] 2017 : Philippe Gambette, Leo van Iersel, Mark Jones, Manuel Lafond, Fabio Pardi & Celine Scornavacca,
  Rearrangement Moves on Rooted Phylogenetic Networks,
  PLOS Comp Bio (PLOS Computational Biology) 13(8):e1005611, p. 1-21 [DOI].
• [J13] 2017 : Philippe Gambette, Katharina Huber & Guillaume Scholz,
  Uprooted phylogenetic networks,
  BMB (Bulletin of Mathematical Biology), 79(9):2022-2048 [DOI].
• [J12] 2017 : Annie Glatigny, Philippe Gambette, Alexa Bourand-Plantefol, Geneviève Dujardin, & Marie-Hélène Mucchielli-Giorgi,
  Development of an in silico method for the identification of subcomplexes involved in the biogenesis of multiprotein complexes in Saccharomyces cerevisiae,
  BMC Syst Biol (BMC Systems Biology) 11:67, p. 1-12 [DOI].
• [J11] 2017 : Philippe Gambette, Katharina Huber & Steven Kelk,
  On the Challenge of Reconstructing Level-1 Phylogenetic Networks from Triplets and Clusters,
  JOMB (Journal of Mathematical Biology) 74(7), p. 1729-1751 [DOI].
• [J10] 2016 : Nadège Lechevrel & Philippe Gambette,
  Une approche textométrique pour étudier la transmission des savoirs biologiques au XIX^e siècle (A Textometrical Approach to Study the Transmission of Biological Knowledge in the XIX^th Century),
  NPSS (Nouvelles perspectives en sciences sociales) 12(1), p. 221-253 [DOI].
• [J9] 2016 : Philippe Gambette, Leo van Iersel, Steven Kelk, Fabio Pardi & Celine Scornavacca,
  Do Branch Lengths Help to Locate a Tree in a Phylogenetic Network?,
  BMB (Bulletin of Mathematical Biology) 78(9), p. 1773-1795 [DOI].
• [J8≈C6] 2014 : Christophe Crespelle & Philippe Gambette,
  (Nearly-)Tight Bounds on the Linearity and Contiguity of Cographs,
  TCS (Theoretical Computer Science) 522, p. 1-12 [DOI].
• [J7] 2013 : Lionel Spinelli, Philippe Gambette, Charles E. Chapple, Benoît Robisson, Anaïs Baudot, Henri Garreta, Laurent Tichit, Alain Guénoche & Christine Brun,
  Clust&See: a Cytoscape plugin for the identification, visualization and manipulation of network clusters,
  BioSystems 113(2), p. 91-95 [DOI].
• [J6] 2012 : Philippe Gambette & Katharina Huber,
  On Encodings of Phylogenetic Networks of Bounded Level,
  JOMB (Journal of Mathematical Biology) 61(1), p. 157-180 [DOI].
• [J5] 2012 : Philippe Gambette, Vincent Berry & Christophe Paul,
  Quartets and Unrooted Phylogenetic Networks,
  JBCB (Journal of Bioinformatics and Computational Biology) 10(4), 1250004 (23 p.) [DOI].
• [J4] 2011 : Philippe Gambette & Alain Guénoche,
  Bootstrap Clustering for Graph Partitioning,
  RAIRO-Operations Research 45(4), p. 339-352 [DOI].
• [J3≈C4] 2010 : Christophe Crespelle & Philippe Gambette,
  Unrestricted and Complete Breadth-First Search of Trapezoid Graphs in O(n) Time,
  IPL (Information Processing Letters) 110, p. 497-502 [DOI].
• [J2] 2009 : Daniel Huson, Regula Rupp, Vincent Berry, Philippe Gambette & Christophe Paul,
  Computing Galled Networks from Real Data,
  Bioinformatics 25(12), ISMB/ECCB'09 (Proceedings of the 17^th Annual Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology & 8^th European Conference on Computational Biology), p. i85-i93 [DOI].
• [J1] 2008 : Philippe Gambette & Daniel H. Huson,
  Improved Layout of Phylogenetic Networks,
  TCBB (IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics) 5(3), p. 472-479 [DOI]. (⇒ Erdős nb 3)

Articles de conférences internationales avec actes et comité de lecture

• [C19] 2024 : Pierre Bourhis, Aaron Boussidan, Céline Fournial & Philippe Gambette,
  Detecting semantic or structural similarities for theater play comparison
  JADT'24 (Proceedings of the 17^th International Conference on statistical analysis of textual data), Mots comptés, textes déchiffrés, p. 139-148.
• [C18] 2023 : Pierre Bourhis, Aaron Boussidan & Philippe Gambette,
  On distances between words with parameters
  CPM'23 (Proceedings of the 33^rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching), Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs), vol. 259, p. 6:1-6:23 [DOI, matériel supplémentaire].
• [C17] 2022 : Chuanming Dong, Philippe Gambette & Catherine Dominguès
  Extraction et caractérisation de noyaux d’événements liés à la pollution industrielle (Classifying triggers of industrial pollution events)
  JADT'22 (Proceedings of the 16^th International Conference on statistical analysis of textual data), Statistical Analysis of Textual Data, p. 354-360. [URL, script et données].
• [C16] 2022 : Simon Gabay, Pedro Ortiz Suarez, Alexandre Bartz, Alix Chagué, Rachel Bawden, Philippe Gambette & Benoît Sagot
  From FreEM to D'AlemBERT: a Large Corpus and a Language Model for Early Modern French,
  LREC'22 (Proceedings of the 13^th Language Resources and Evaluation Conference), p. 3367-3374, [URL, vidéo, corpus FreEM max].
• [C15] 2022 : Rachel Bawden, Jonathan Poinhos, Eleni Kogkitsidou, Philippe Gambette, Benoît Sagot & Simon Gabay
  Automatic Normalisation of Early Modern French,
  LREC'22 (Proceedings of the 13^th Language Resources and Evaluation Conference), p. 3354-3366, [URL, vidéo, corpus FreEM norm, démo d'ABA].
• [C14] 2022 : Simon Gabay, Rachel Bawden, Jonathan Poinhos, Philippe Gambette, Eleni Kogkitsidou & Benoît Sagot
  Le changement linguistique au XVII^e siècle : nouvelles approches scriptométriques,
  CMLF'22 (Actes du 8^e Congrès Mondial de Linguistique Française), SHS Web Conferences, volume 138, p. 02006.1-15, [DOI].
• [C13] 2022 : Laurent Bulteau, Philippe Gambette & Olga Seminck
  Reordering a tree according to an order on its leaves,
  CPM'22 (Proceedings of the 33^rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching), Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs), volume 223, p. 24.1-15, [DOI, matériel supplémentaire].
• [C12] 2021 : Chuanming Dong, Philippe Gambette & Catherine Dominguès
  Extracting event-related information from a corpus regarding soil industrial pollution,
  KDIR'21 (Proceedings of the 13^th International Joint Conference on Knowledge Discovery, Knowledge Engineering and Knowledge Management), volume 1, p. 217-224 [DOI, matériel supplémentaire].
• [C11] 2020 : Eleni Kogkitsidou & Philippe Gambette,
  Normalisation of 16^th and 17^th century texts in French and geographical named entity recognition,
  SIGSPATIAL GeoHumanities'20 (Proceedings of the 4^th ACM SIGSPATIAL International Workshop on Geospatial Humanities), p. 28-34 [DOI, vidéo].
• [C10] 2018 : Christine Barats, Anne Dister, Philippe Gambette, Jean-Marc Leblanc & Marie Peres,
  Appeler à signer une pétition en ligne : caractéristiques linguistiques des appels
  JADT'18 (Proceedings of the 14^th International Conference on statistical analysis of textual data), Statistical Analysis of Textual Data, p. 68-75 [URL].
• [C9] 2016 : Christine Barats, Anne Dister, Philippe Gambette, Jean-Marc Leblanc & Marie Peres-Leblanc,
  Analyser des pétitions en ligne : potentialités et limites d'un dispositif d'étude pluridisciplinaire,
  JADT'16 (Proceedings of the 13^th International Conference on statistical analysis of textual data), Statistical Analysis of Textual Data, p. 772-781 (matériel supplémentaire) [URL].
• [C8] 2016 : Philippe Gambette, Andreas Gunawan, Anthony Labarre, Stéphane Vialette & Louxin Zhang,
  Solving the Tree Containment Problem for Genetically Stable Networks in Quadratic Time,
  IWOCA'15 (Proceedings of the 26^th International Workshop on Combinatorial Algorithms), LNCS 9538, p. 197-208 [DOI].
• [C7] 2015 : Philippe Gambette, Andreas Gunawan, Anthony Labarre, Stéphane Vialette & Louxin Zhang,
  Locating a Tree in A Phylogenetic Network in Quadratic Time,
  RECOMB'15 (Proceedings of the 19^th Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology), LNCS (LNBI) 9029, p. 96-107 [DOI].
• [C6] 2013 : Christophe Crespelle & Philippe Gambette,
  Linear-time Constant-ratio Approximation Algorithm and Tight Bounds for the Contiguity of Cographs,
  WALCOM'13 (Proceedings of the 7^th International Workshop on Algorithms and Computation), LNCS 7748, p. 126-136 [DOI].
• [C5] 2010 : Delphine Amstutz & Philippe Gambette,
  Utilisation de la visualisation en nuage arboré pour l'analyse littéraire,
  JADT'10 (Proceedings of the 10^th International Conference on statistical analysis of textual data), Statistical Analysis of Textual Data, p. 227-238 (matériel supplémentaire) [URL].
• [C2] 2009 : Philippe Gambette & Jean Véronis,
  Visualising a Text with a Tree Cloud,
  IFCS'09 (Proceedings of the International Federation of Classification Societies 2009 Conference), Studies in Classification, Data Analysis, and Knowledge Organization 40, p. 561-570 (matériel supplémentaire) [DOI].
• [C4] 2009 : Christophe Crespelle & Philippe Gambette,
  Efficient Neighbourhood Encoding for Interval Graphs and Permutation Graphs and O(n) Breadth-First Search,
  IWOCA'09 (Proceedings of the 20^th International Workshop on Combinatorial Algorithms), LNCS 5874, p. 146-157 [DOI].
• [C3] 2009 : Philippe Gambette, Vincent Berry & Christophe Paul,
  The Structure of Level-k Phylogenetic Networks,
  CPM'09 (Proceedings of the 20^th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching), LNCS 5577, p. 289-300 [DOI].
• [C1] 2007 : Philippe Gambette & Stéphane Vialette,
  On Restrictions of Balanced 2-Interval Graphs,
  WG'07 (Proceedings of the 33^rd International Workshop on Graph-Theoretic Concepts in Computer Science), LNCS 4769, p. 55-65 [DOI].

Article de conférence internationale avec comité de lecture

• [IC2] 2021 : Alexandre Bartz, Juliette Janes, Laurent Romary, Philippe Gambette, Rachel Bawden, Pedro Ortiz Suarez, Benoît Sagot & Simon Gabay,
  Expanding the content model of annotationBlock,
  Next Gen TEI, 2021 - TEI Conference and Members’ Meeting, [dépôt GitHub].
• [IC1] 2021 : Philippe Gambette, Olga Seminck, Dominique Legallois & Thierry Poibeau,
  Evaluating Hierarchical Clustering Methods for Corpora with Chronological Order,
  EADH 2021 (2^nd International Conference of the European Association for Digital Humanities) [video].

Articles de revues nationales

• [N12] 2025 : Philippe Gambette,
  Autrices de théâtre du XVI^e au XVIII^e siècle : disponibilité en ligne et visibilité,
  Pratiques & Formes littéraires 16-18, à paraitre [site web].
• [N11] 2025 : Philippe Gambette,
  Sur les traces d’un portrait de Marceline Desbordes-Valmore par Goya,
  J'écris pourtant, Cahiers de la Société des études Marceline Desbordes-Valmore, n° 6, à paraitre [URL à venir].
• [N10] 2025 : Lucie Gournay & Philippe Gambette,
  Cohérence, théâtralité et spontanéité dans « Un soufflet », nouvelle librement traduite de l’anglais par Marceline Desbordes-Valmore,
  J'écris pourtant, Cahiers de la Société des études Marceline Desbordes-Valmore, n° 6, à paraitre [URL à venir].
• [N9] 2025 : Caroline Trotot & Philippe Gambette,
  Faire des villes des lieux à soi féminins : complémentarité des parcours virtuels et physiques du matrimoine du programme « Cité des Dames, créatrices dans la Cité »,
  L'Entre-deux, n° 17(1).
• [N8] 2024 : Philippe Gambette,
  Les lieux nommés d’après Marceline Desbordes-Valmore,
  J'écris pourtant, Cahiers de la Société des études Marceline Desbordes-Valmore, n° 5, p. 87-98 [URL à venir].
• [N7] 2024 : Philippe Gambette,
  Le don par Marceline Desbordes-Valmore du portrait de son père au musée de la Chartreuse,
  J'écris pourtant, Cahiers de la Société des études Marceline Desbordes-Valmore, n° 5, p. 181-189 [URL à venir].
• [N6] 2022 : Simon Gabay, Philippe Gambette, Rachel Bawden & Benoît Sagot,
  Ancien ou moderne ? Pistes computationnelles pour l’analyse graphématique des textes écrits au XVII^e siècle,
  Linx, revue des linguistes de l'Université Paris Ouest Nanterre La Défense, 85, p. 1-20 [DOI].
• [N5] 2019 : Christine Barats, Anne Dister, Philippe Gambette, Jean-Marc Leblanc & Marie Peres-Leblanc,
  Ce que les données textuelles disent du pétitionnement en ligne : entre contraintes et appropriations du dispositif,
  Questions de communication 36, p. 123-146 [DOI].
• [N4] 2014 : Rosa Cetro, Marc Barbier, Philippe Breucker, Hilde Eggermont, Philippe Gambette, Tita Kyriacopoulou, Xavier Le Roux, Claude Martineau & Nicolas Turenne,
  Vers une approche semi-automatique pour la définition de motifs d'argumentation utilisés dans les résumés de projets scientifiques du domaine de la biodiversité,
  Revue des Nouvelles Technologies de l'Information RNTI-SHS-2, "Fouilles de données et humanités numériques", p. 47-80 [URL].
• [N3] 2013 : William Martinez & Philippe Gambette,
  L'affaire du Médiator au prisme de la textométrie,
  Texto ! XVIII(4) (matériel supplémentaire) [URL].
• [N2≈P2] 2013 : Hyeran Lee, Philippe Gambette, Frédérique Gayraud & Melissa Barkat-Defradas,
  Élaboration d'un outil d'évaluation des performances en dénomination pour les patients bilingues atteints de la maladie d'Alzheimer,
  Rééducation orthophonique 253:143-152 (matériel supplémentaire).
• [N1] 2012 : Philippe Gambette, Nuria Gala, & Alexis Nasr,
  Longueur de branches et arbres de mots,
  Corpus 11:129-146 [article sur revues.org].

Articles de conférences nationales avec actes et comité de lecture

• [F5] 2022 : Aaron Boussidan, Philippe Gambette & Adrien Roumégous,
  Enrichissement d’un corpus multiséculaire de théâtre,
  Colloque La constitution de corpus en diachronie longue : méthodologies, objectifs et exploitations linguistiques et stylistiques.
• [F4≈N1] 2012 : Philippe Gambette, Nuria Gala, Alexis Nasr & Alain Guénoche,
  Longueur de branches et arbres de mots,
  Colloque La cooccurrence : du fait statistique au fait textuel.
• [F3≈J7] 2011 : Laurent Tichit, Philippe Gambette & Alain Guénoche,
  ModClust: a Cytoscape plugin for modularity-based clustering of networks,
  MARAMI'11 (2^ème conférence sur les Modèles et l'Analyse des Réseaux : Approches Mathématiques et Informatique).
• [F2] 2010 : Hyeran Lee, Philippe Gambette, Elsa Maillé & Constance Thuillier,
  Densidées : calcul automatique de la densité des idées dans un corpus oral,
  RECITAL'10 (12^èmes Rencontre des Étudiants Chercheurs en Informatique pour le Traitement Automatique des Langues).
• [F1≈C3] 2009 : Philippe Gambette, Vincent Berry & Christophe Paul,
  Structure des réseaux phylogénétiques de niveau borné,
  SFC'09 (XVI^èmes Rencontres de la Société Francophone de Classification).

Chapitres d'ouvrages

• [CO2] 2021 : Philippe Gambette, Nadège Lechevrel, & Caroline Trotot,
  Valoriser des corpus littéraires numériques avec Wikisource : de la recherche à la pédagogie,
  dans Lionel Barbe & Marta Severo (dir.), Wikipédia et les wikis, objets de médiation et de transmission des savoirs, Presses Universitaires de Paris Nanterre – Collection Intelligences numériques, p. 159-176.
• [CO1] 2018 : Philippe Gambette, Tita Kyriacopoulou, Nadège Lechevrel, & Claude Martineau,
  Anatomie, animaux, vocabulaire de la vivisection : construire des ressources lexicales pour visualiser une thématique dans un corpus littéraire,
  dans Gisèle Seginger (dir.), Animalhumanité. Expérimentation et fiction : l’animalité au cœur du vivant, Savoirs en texte, Champs-sur-Marne : LISAA éditeur, p. 223-231.

Article invité

• [I1] 2011 : Philippe Gambette,
  Reconstruction combinatoire de réseaux phylogénétiques,
  Journées de la Société Française de Systématique, Biosystema 28 L'arbre du vivant existe-t-il ?, p. 85-92 (matériel supplémentaire).

Colloques

• [W12] 2022 : Simon Gabay Rachel Bawden, Benoît Sagot & Philippe Gambette,
  Vers l'étude linguistique sur données artificielles. Le cas des systèmes graphiques en diachronie longue,
  Journées d'étude Variation(s) en français.
• [W11] 2022 : Nicole Dufournaud, Philippe Gambette, & Caroline Trotot,
  Identifier, représenter, penser les réseaux urbains de l’humanisme autour de Marguerite de Valois : l’exemple du voyage des Flandres (1577),
  colloque Les femmes dans les réseaux urbains de l’humanisme (1492-1615).
• [W10≈C14] 2021 : Simon Gabay, Philippe Gambette, Rachel Bawden, Jonathan Poinhos, Eleni Kogkitsidou, & Benoît Sagot,
  Variation graphique dans les documents d’Ancien Régime : nouvelles approches scriptométriques,
  journée d'étude Lettres d’outre-mer. Pour une histoire de la langue « par en bas » : textes privés et variation des langues dans le passé.
• [W9≈CO2] 2019 : Philippe Gambette, Nadège Lechevrel, & Caroline Trotot,
  Constituer et valoriser des corpus littéraires numériques avec Wikisource,
  journée d'étude Wikipédia et les wikis, objets de médiation et de transmission des savoirs (2nd edition of the Bordeaux Graph Workshop).
• [W8≈CO1] 2018 : Philippe Gambette, Tita Kyriacopoulou, Nadège Lechevrel, & Claude Martineau,
  Anatomie, animaux, vocabulaire de la vivisection : construire des ressources lexicales pour visualiser une thématique dans un corpus littéraire,
  colloque Animalhumanité. Expérimentation et fiction : l’animalité au cœur du vivant.
• [W7≈J8] 2012 : Christophe Crespelle & Philippe Gambette
  (Nearly-)Tight Bounds on the Linearity and Contiguity of Cographs,
  BGW'12 (2nd edition of the Bordeaux Graph Workshop).
• [W6≈N3] 2012 : William Martinez & Philippe Gambette
  L'affaire du Médiator au prisme de la textométrie,
  Colloque Médias / Santé Publique.
• [W5≈I1] 2011 : Philippe Gambette
  Utilisation pratique des méthodes combinatoires de reconstruction de réseaux phylogénétiques,
  Rencontres ALPHY 2011.
• [W4≈J5] 2010 : Philippe Gambette, Vincent Berry & Christophe Paul,
  Quadruplets et réseaux non enracinés de niveau k,
  JGA'10 (12^èmes Journées Graphes et Algorithmes).
• [W3≈C4] 2009 : Christophe Crespelle & Philippe Gambette,
  Codage des voisinages et parcours en largeur en temps O(n) des graphes d'intervalles et de permutation,
  JGA'09 (11^èmes Journées Graphes et Algorithmes).
• [W2≈C3] 2009 : Daniel Huson, Regula Rupp, Vincent Berry, Philippe Gambette & Christophe Paul,
  Reconstruction de réseaux phylogénétiques à structure arborée depuis un ensemble de clusters,
  Rencontres ALPHY-GTGC'09.
• [W1≈C1] 2006 : Philippe Gambette,
  Graphes 2-intervallaires et classes apparentées,
  JGA'06 (8^èmes Journées Graphes et Algorithmes).

Posters

• [P6≈C15+C16] 2022 : Simon Gabay Pedro Ortiz Suarez, Rachel Bawden, Alexandre Bartz, Philippe Gambette & Benoît Sagot,
  Le projet FreEM : ressources, outils et enjeux pour l'étude du français d'Ancien Régime,
  poster à TALN 2022 (Actes de la 29^e édition de la conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles), volume 1, p. 156-165 [URL].
• [P5] 2021 : Olga Seminck, Philippe Gambette, Dominique Legallois & Thierry Poibeau,
  The Corpus for Idiolectal Research (CIDRE),
  poster à EADH 2021 (2^nd International Conference of the European Association for Digital Humanities)

• [P4] 2014 : Hyeran Lee, Philippe Gambette & Melissa Barkat-Defradas,
  iPhocomp : calcul automatique de l'indice de complexité phonétique de Jakielski,
  session poster de JEP'14 (XXX^ème édition des Journées d'Etude sur la Parole).
• [P3] 2012 : Annie Glatigny, Viet-Dung Tran, Philippe Gambette & Marie-Hélène Mucchielli
  An in silico approach to model the assembly pathway of protein respiratory complexes in Saccharomyces cerevisiae,
  poster à JOBIM 2012.
• [P2] 2012 : Melissa Barkat-Defradas, Frédérique Gayraud, Hyeran Lee & Philippe Gambette,
  Estimation de la neutralité culturelle d'un ensemble d'images destinées à l'évaluation des performances en dénomination,
  poster à NPL-Aphasia 2012 (résumé).
• [P1] 2010 : Hyeran Lee, Philippe Gambette & Melissa Barkat-Defradas,
  Utilisation de l'analyse textuelle automatique dans la recherche sur la maladie d'Alzheimer,
  poster présenté à CEDIL'10 (Deuxième Colloque international des jeunes chercheurs en Didactique des Langues et en Linguistique).

Article de vulgarisation

• [V1] 2011 : Philippe Gambette,
  La recette de la meilleure recette,
  Plume! papier 14.

Mémoires

• [D4] 2010 : Méthodes combinatoires de reconstruction de réseaux phylogénétiques,
  Thèse sous la direction de Vincent Berry et Christophe Paul au LIRMM (⇒ petit-petit-petit-petit-petit-petit-petit-petit-petit-fillot de Lagrange).
• [D3] 2006 : Les graphes 2-intervallaires,
  Mémoire de master sous la direction de Michel Habib au LIAFA.
• [D2] 2005 : La représentation des réseaux phylogénétiques,
  Mémoire de maîtrise sous la direction de Daniel Huson au ZBIT, à l'université de Tübingen.
• [D1] 2004 : Quelques propriétés topologiques des arbres de duplication,
  Mémoire de licence sous la direction d'Olivier Gascuel et Denis Bertrand, au LIRMM.

Rapports techniques

• 2025 : Charlotte Arbaleste hors de France à travers ses Mémoires : villes et réseaux (11p, avec Caroline Trotot)
• 2019 : Cutting an alignment with Ockham's razor (23p, avec Mark Jones, Leo van Iersel, Remie Janssen, Steven Kelk, Fabio Pardi & Celine Scornavacca)
• 2018 : The BiodivERsA database: a mapping of research on biodiversity and ecosystem services in Europe over 2005-2015, BiodivERsA report (60p, avec Lise Goudeseune, Hilde Eggermont, André Heughebaert & Xavier Le Roux).
• 2016 : Who is Who in Phylogenetic Networks: Articles, Authors and Programs (5p, avec Tushar Agarwal & David Morrison).
• 2016 : Tree Containment in Linear Time for Nested Networks (11p, avec Andreas DM Gunawan, Anthony Labarre, Stéphane Vialette & Louxin Zhang).
• 2014 : Temporal and geographical trends in the type of biodiversity research funded on a competitive basis in European countries, BiodivERsA report (27p, avec Hilde Eggermont & Xavier Le Roux).
• 2009 : A Note on Minimum Flip Consensus and Maximum Compatible Subset (2p, un complément à [C4]).
• 2009 : Estimation du nombre de citations de papillotes et de blagues Carambar (5p).
• 2008 : An Obstruction Approach to Reconstruct Phylogenies and Level-k Networks from Triplets (22p, avec Vincent Berry et Christophe Paul).
• 2007 : Graphes (2,2)-intervallaires bipartis (4p).
• 2007 : Graphes 2-intervallaires, variantes et restrictions (67p, avec Michel Habib et Stéphane Vialette, mise à jour de [D3] en insérant les résultats de [C1]).