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Mathias Weller

Forscher am Institut für Informationswissenschaft des Französischen Nationalen Wissenschaftszentrums

Labor der Informatik "Gaspard Monge" (LIGM)
Université Gustave Eiffel (umbenannt von Université Paris EST - Marne-la-Vallée)
Bât Copernic, 5 Bd Descartes
Champs-sur-Marne, 77454 Marne-la-Vallée
Phone: +33 1 60 95 77 49
E-mail:
Büro: 4B 105, bâtiment Copernic
Zum Senden verschlüsselter Mails, hier mein PGP public key (fingerprint 98D5 9418 8AEA 7C23 F535 F63C 2D85 72C3 95F6 6C5B).

Meine Interessengebiete sind unter anderem
  • Parameterisierte Algorithmik
  • Genome Scaffolding
  • Phylogenetische Netze
  • Strukturelle Parameter
  • Vorverarbeitung und alternative Problemkernkonzepte
Foto von Mathias Weller

Komitees

Ich bin engagiert im Peer Community In (PCI) Mathematical & Computational Biology (MCB) (siehe auch dieses Erklärvideo sowie dieses PDF mit Antworten zu häufigen Kritikpunkten)
OC von RECOMB-CG 2019
PC von SOFSEM 2020

Software

Wenn nicht anders erwähnt sind alle Programme von mir in C++ geschrieben und sollten per GCC auf allen gänigen *nix Platformen (inklusive cygwin) kompilieren. Man beachte die mitgelieferte README Datei. Alle Software findet sich auch auf github.
Sudoku Ein regelbasierter Sudoku Löser, der die "transitive chain analysis" implementiert.
TransEd Ein Programm zum Lösen des Transitivity Editing problems.
GCClust Ein Programm (mit graphischer Benutzeroberfläche) zum Lösen des Consensus Clustering problems.
2LP Ein Programm zum Lösen des Two-Layer Planarization problems (veraltet, wird aktuell erneuert).
EE Ein Programm zum Lösen des Eulerian Extension problems (geschrieben in Java von Georg Hieronimus).
CoilCoater Ein Programm zum Lösen des Colorful Independent Set problems (geschrieben von René v. Bevern).
Status Sequence Analyser Ein Programm zum Rekonstruieren eines caterpillar graphs aus einer "Status"-Sequenz.
Genome Scaffolder Ein Programm zum verbinden von contigs in fasta Format zu scaffolds mit Hilfe von paired end Information gegeben als scaffold Graph. Benötigt CPLEX.

Lehre

In 2017 gab ich eine Kurzvorlesung über SCAFFOLDING an der Universität von Montpellier. [Folien (eng)]

In 2018 gab ich eine Kurzvorlesung zur algorithmischen Bioinformatik an der ENS Cachan.

In 2020 gebe ich eine Kurzvorlesung zur algorithmischen Bioinformatik an der ENS Saclay. [Folien (eng): Teil 1, Teil 2] Programmierprojekt (eng): description, test generator]

Veröffentlichungen

Siehe die Liste als PDF, mein Google Scholar Profil, oder DBLP.