Journées
COMATEGE-SeqBio
26 & 27 novembre 2012
Présentation ↑
Les journées COMATEGE-SeqBio 2012 (Algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique) auront lieu les 26 et 27 novembre 2012 à Marne-la-Vallée.Les thèmes abordés à SeqBio vont de la combinatoire et de l'algorithmique du texte à leurs applications à l'analyse bio-informatique des séquences biologiques. Cela inclut les sujets suivants, sans y être limité :
- combinatoire des mots, statistiques sur les mots
- algorithmique du texte, structures d'indexation
- algorithmique parallèle
- recherche, découverte et analyse de motifs et de répétitions
- analyse des données de séquençage haut-débit (génomique, RNA-seq, Chip-seq, ...)
- annotation des génomes, prédiction de gènes
- haplotypes et polymorphismes
- génomique comparative
- signaux de régulation
Les exposés seront organisés par session avec des sensibilités plus informatique, mathématique, ou bio-informatique.
Dates importantes :
29 octobre9 novembre : date limite de soumission d'un résumé2 novembre9 novembre : date limite d'inscription (les inscriptions sont encore possibles après cette date mais ne garantissent pas l'accès aux repas du midi)
L'inscription pour les journées COMATEGE-SeqBio est gratuite : formulaire d'inscription et d'envoi de résumé.
Programme ↑
Le programme détaillé, incluant les résumés, est accessible sur cette page (version
imprimable de 2 pages)
Lundi 26 Novembre
| 9:45-10:15 | Café d'accueil |
| 10:15-11:30 | Keynote Talk - Riccardo Dondi (Université de Bergamo - Italie) Some recent combinatorial approaches to genome comparison  |
| 11:30-12:05 | Pierre Nicodeme Waiting time in DNA evolution |
| 12:05-14:00 | Repas |
| 14:00-14:35 | Annelyse Thévenin Gene Family Assignment-Free Comparative Genomics |
| 14:35-15:10 | Thierry Lecroq Three new strategies for exact string matching |
| 15:10-15:45 | Lhouari Nourine Nouvelles classes de problèmes pour la fouille de motifs intéressants dans les bases de données |
| 15:45-16:15 | Pause café |
| 16:15-16:50 | Arnaud Lefebvre Linear Computation of Unbordered Conjugate |
| 16:50-17:25 | Laura Giambruno Transducers for the bidirectional decoding of codes with a finite deciphering delay |
| 17:25-18:00 | Thierry Lecroq Quasi-Linear Time Computation of Abelian Periods of a Word |
Mardi 27 Novembre
| 9:45-10:15 | Café d'accueil |
| 10:15-10:50 | Guillaume Rizk Efficient data structures for large-scale genome sequencing data |
| 10:50-11:25 | Van Du Tran New approaches to differential expression in RNA-seq data |
| 11:25-12:00 | Yann Ponty RNA folding with pseudoknots: Intractable, honestly? |
| 12:00-14:00 | Repas |
| 14:00-14:35 | Julien Clément Analyse d'algorithmes de tri et de recherche en nombre de comparaisons de symboles |
| 14:35-15:20 | Keynote Talk - Valentina Boeva (Institut Curie) Structural variants, loss of heterozygosity regions and copy number alterations in cancer: strategy of their detection using NGS data |
| 15:20-15:55 | Benjamin Martin Estimation de la similarité approchée entre séquences musicales |
| 15:55-16:25 | Pause café |
| 16:25-17:00 | Alain Guénoche Consensus multiple : une méthode pour séparer des gènes divergents |
| 17:00-17:35 | Gabriele Fici On Binary Jumbled Pattern Matching |
Participants ↑
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Localisation ↑
5 boulevard Copernic, 77454 Champs-sur-MarneRER A, direction Marne-la-Vallée ou Torcy, arrêt Noisy-Champs (zone 4)
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Partenaires ↑
Les journées SeqBio sont organisées dans le cadre
du groupe de travail COMATEGE
(Combinatoire des mots, algorithmique du texte et du génome),
avec le soutien de l'Université Paris-Est Marne-la-Vallée,
des GDR IM et BIM du CNRS.
Précédentes éditions ↑
- Lille, décembre 2011
- Rennes, janvier 2011
- Montpellier, janvier 2010
- Rouen, septembre 2008
- Marne-la-Vallée, septembre 2007
- Orsay, novembre 2005
- Lille, décembre 2004
- Nantes, mai 2004
- Montpellier, novembre 2003
- Nancy, janvier 2003
- Rouen, juin 2002
- Montpellier, mars 2002
Pour de futurs organisateurs : le fichier source OpenOffice du logo, l'icône favicon sur fond transparent et sur fond blanc, le logo PNG en version carrée ou rectangulaire, et le fichier source OpenOffice du fléchage.
