Journée « logiciels du Laboratoire d'informatique Gaspard-Monge »

19-01-2010 : à partir de 14h00, Copernic, 4ème étage salle 4B08R


Présentation - utilisations

L'objectif de cette journée est de mieux connaître les services de valorisation de nos tutelles et de présenter certains des logiciels produits au laboratoire. La journée vise également à mieux connaître les nouveaux modes de gestion des logiciels en vue d'une utilisation au service de la recherche d'une part et au delà dans une perspective de diffusion et de valorisation.

Programme

Le brevet et la protection des logiciels (14:00)

Par Pascal Janots

On présentera le brevet d'invention comme outil de valorisation de la recherche et comment on peut y recourir avec des logiciels en le comparant aux autres moyens de protection.

Les logiciels du laboratoire et PLUME (14:30)

Par Teresa Gomez-Diaz

Cette présentation remplace celle prévue par Moussa Hoummadi, responsable SPV-DR3.
Nous présenterons les denières avancées des projets PLUME et RELIER, en particulier celles en relation avec les logiciels de notre laboratoire, publiés sur plateforme PLUME.

Pause de 10 minutes

Session ouverte composée d'exposés de longueur variable (au plus 15 minutes chacune)

Logiciel de segmentation d'images cardiaques spatio-temporelles 3D+t, par Jean Cousty
Travail en collaboration : Michel Couprie, Jean Cousty et Laurent Najman

L'étude de la fonction ventriculaire gauche chez des patients ayant subis un infarctus du myocarde a pour objectif d'évaluer la capacité d'un patient à récupérer tout ou partie de sa fonction cardiaque ventriculaire. Les principales sources d'informations dont disposent les médecins sont des images volumiques fixes et des séquences d'images 3D provenant de systèmes d'imagerie à résonance magnétique (IRM). Dans ce contexte, nous présentons le logiciel d'aide au diagnostic développé par notre équipe pour manipuler, visualiser et analyser ces séquences d'images. Ce logiciel, actuellement utilisé par l'équipe de cardiologie du CHU Henri Mondor de Créteil, repose grandement sur la bibliothèque de traitement d'images PINK développée à l'ESIEE depuis de nombreuses années et distribuée depuis peu sous licence CeCILL.

Milena, une bibliothèque générique et performante pour le traitement d'images, par Laurent Najman et Roland Levillain
Projet en collaboration avec l'Epita

Nous présentons une bibliothèque générique pour le traitement d'images discrètes, centré sur le concept de généricité. En se donnant une définition générale du concept d'image du point de vue logiciel, il est possible de traduire des définitions formelles d'algorithmes issus de la littérature, en code directement utilisable et applicable en pratique à tous types d'images compatibles. Cette bibliothèque, Milena, coeur de la plate-forme de traitement d'images Olena, se veut également performante (utilisation de techniques C++ modernes, optimisations algorithmiques générique haut niveau) et intuitive (usage de notations et abstractions familières aux traiteurs d'images, masquage des détails d'implémentation, gestion mémoire transparente et efficace). Milena fournit de nombreuses structures de données pour le traitement d'images (images, points/sites, voisinages, fenêtres/éléments structurants, domaines basés sur diverses structures topologiques, etc.) ainsi que des algorithmes opérant sur celles-ci, en particulier dans le domaine de la morphologie mathématique et de la topologie discrète. L'ensemble du projet Olena est distribué en tant que logiciel libre sous licence GNU GPL. »

Parallélisation d'algorithmes d'optimisation convexe, par Caroline Chaux et Nelly Pustelnik

Afin de résoudre des problèmes de restauration d'images, nous considérons des algorithmes itératifs d'optimisation convexe. Ce type de méthode peut être couteux en temps de calcul lorsque de grands volumes de données sont impliqués.
Pour cette raison, nous nous sommes récemment penchés sur la parallélisation de ces algorithmes. Une implémentation multicoeurs des programmes (langage C++, librairies Open MP et PThreads) nous a permis de réduire jusqu'à un facteur 7 le temps de calcul sur une machine 8 coeurs. Des premiers tests ont également été réalisés sur carte graphique mais demandent encore à être optimisés.

Imview, par Talbot Hugues - fiche logiciel Fiche Plume
Logiciel du laboratoire distribué sous Debian.

Un logiciel de visualisation d'image s'utilise pour afficher une image sur un écran, mais il est aussi utile pour les agrandir, faire des rotations, modifier le contraste, etc. Il est aussi important de pouvoir gérer plusieurs formats, en couleur et en blanc et noir.D'autre part, un logiciel d'analyse d'image est utile pour extraire des informations (par exemple numériques), ce qui rend possibles des applications scientifiques.
Imview peut manipuler des images multi-spectrales, des images 2D et 3D (en couches), des séquences d'images (films) et beaucoup d'autres comme par exemple des images satellites.