Les bases de données biologiques contenant des séquences moléculaires voient régulièrement leur volume doubler tous les deux ans environ. Il est même vraisemblable que ce rythme va aller en s'accélérant dans un proche avenir compte tenu de l'accroissement des recherches dans le domaine. De ce fait, les algorithmes de traitement de ces longues suites de symboles requièrent des méthodes efficaces, en particulier du point de vue de leur temps d'exécution. Les applications des sujets traités dans ce cours sont constituées notamment par l'analogie entre séquences, la recherche rapide en base de données, le repliement de séquences (structures secondaires), et plus généralement la recherche de régularités ou structures dans les séquences.
Le but de ce cours est de présenter les algorithmes de base pour le traitement algorithmique des séquences moléculaires. Les thèmes abordés comprendront :