Le DEA d'Informatique Fondamentale et Applications est né du DEA d'Informatique Fondamentale, quifonctionne depuis un grand nombre d'années. Il a d'abord été principalement centré sur l'informatique théorique. Il s'est trouvé modifié par la suite pour intégrer différentes évolutions. La première est celle de l'introduction de l'informatique linguistique qui renouait avec les débuts de la collaboration entre linguistes et informaticiens aux temps ``préhistoriques''. On vit ensuite naître le traitement informatique du génome, lié à l'activité traditionnelle de combinatoire des mots, ainsi finalement que l'informatique graphique.
La nouvelle forme du DEA est marquée par plusieurs axes directeurs :