Algorithmique des séquences

Traitement du texte

Traitement algorithmique du texte et des séquences moléculaires ; algorithmique pour la bioinformatique.

• Localisation de motifs
• Indexation (recherche, répétitions, LCF, etc.)
• Tableau des suffixes
• Alignement (en espace linéaire, sous-quadratique)
• Comparaison de génomes (MUM)
• FastA, Blast
• Recherche de motifs approchés
• Motifs courts
• Répétitions

Références principales

• A. Apostolico and Z. Galil, eds., Pattern Matching Algorithms, Oxford University Press, 1997, 377 pages.
• M. Crochemore, C. Hancart et T. Lecroq, Algorithmique du texte, Vuibert, 2001, 347 pages.
• M. Crochemore and W. Rytter, Jewels of Stringology, World Scientific, 2002, 310 pages.
• D. Gusfield, Algorithms on strings, trees, and sequences, Cambridge University Press, 1997, 534 pages.
• G. Navarro and M. Raffinot, Flexible Pattern Matching, Cambridge University Press, 2002, 221 pages.
• R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison, Biological sequence analysis, Cambridge University Press, 1998, 356 pages.
• P. A. Pevzner, Computational Molecular Biology, The MIT Press, 2000, 314 pages.
• J. Setubal and J. Meidanis, Introduction to Computational Molecular Biology, PWS Publishing Co., 1997, 296 pages.
• M.S. Waterman, Introduction to Computational Biology, Chapman & Hall, 1995, 431 pages.
• G. A. Stephen, String searching algorithms, World Scientific Press, 1994, 243 pages.