Guillaume Blin

Chapitres d'ouvrages scientifiques

2011

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Blin Guillaume, Crochemore Maxime, Vialette Stéphane. Algorithmic Aspects of Arc-Annotated Sequences. Elloumi Mourad, Zomaya Albert Y.. Algorithms in Computational Molecular Biology: Techniques, Approaches and Applications, Wiley, pp. 113-126, Feb. 2011

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Articles dans des revues avec comité de lecture

2012

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Blin Guillaume, Rizzi Romeo, Vialette Stéphane. A faster algorithm for finding minimum Tucker submatrices. Theory of Computing Systems, 2012, ? (?), 10 pp.

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Blin Guillaume, Bonizzoni Paola, Dondi Riccardo, Sikora Florian. On the Parameterized Complexity of the Repetition Free Longest Common Subsequence Problem. Information Processing Letters, 2012, ? (?), 9 pp.

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Faye David Célestin, Curé Olivier, Blin Guillaume. A survey of RDF storage approaches. Revue Africaine de la Recherche en Informatique et Mathématiques Appliquées, 2012, 15 (1), pp. 25

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2011

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Blin Guillaume, Crochemore Maxime, Hamel Sylvie, Vialette Stéphane. Median of an odd number of permutations. Pure Mathematics and Applications, 2011, 21 (2), pp. 161 - 175

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Blin Guillaume, Rizzi Romeo, Sikora Florian, Vialette Stéphane. Minimum Mosaic Inference of a Set of Recombinants. International Journal of Foundations of Computer Science, 2011, ? (?), pp.17

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2010

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Blin Guillaume, Sikora Florian, Vialette Stéphane. Querying Graphs in Protein-Protein Interactions Networks using Feedback Vertex Set. IEEE/ACM IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2010, 7 (4), pp. 628-635

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Blin Guillaume, Faye David Célestin, Stoye Jens. Finding Nested Common Intervals Efficiently. Journal of Computational Biology, 2010, 17 (9), pp. 1183-1194

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Blin Guillaume, Denise Alain, Dulucq Serge, Herrbach Claire, Touzet Hélène. Alignments of RNA structures.. IEEE/ACM IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2010, 7 (2), pp. 309-322. <http://dx.doi.org/10.1109/TCBB.2008.28>

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2008

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Blin Guillaume, Fertin Guillaume, Hermelin Danny, Vialette Stéphane. Fixed-Parameter Algorithms For Protein Similarity Search Under mRNA Structure Constraints. Journal of Discrete Algorithms, 2008, 6 (4), pp. 618-626

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2007

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Blin Guillaume, Fertin Guillaume, Vialette Stéphane. Extracting Constrained 2-Interval Subsets in 2-Interval Sets. Theoretical Computer Science, 2007, 385 (1-3), pp. 241-263

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Blin Guillaume, Chauve Cedric, Fertin Guillaume, Rizzi Romeo, Vialette Stéphane. Comparing Genomes with Duplications: a Computational Complexity Point of View. ACM/IEEE Trans. Computational Biology and Bioinformatics, 2007, 4 (4), pp. 523-534

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Blin Guillaume, Blais Eric, Hermelin Danny, Guillon Pierre, Blanchette Mathieu, El-Mabrouk Nadia. Gene Maps Linearization using Genomic Rearrangement Distances. Journal of Computational Biology, 2007, 14 (4), pp. 394-407

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2005

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Blin Guillaume, Fertin Guillaume, Rizzi Romeo, Vialette Stéphane. What makes the Arc-Preserving Subsequence problem hard ?. LNCS Transactions on Computational Systems Biology, 2005, 2, pp. 1-36

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Communications avec actes

2012

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Blin Guillaume, Bulteau Laurent, Jiang Minghui, Pedro J. Tejada, Vialette Stéphane. Hardness of longest common subsequence for sequences with bounded run-lengths. Juha Kärkkäinen and Jens Stoye. 23rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM'12), Jul 2012, Helsinki, Finland. Springer-Verlag, 11 pp, Lecture Notes in Computer Science

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Yang Xiao, Sikora Florian, Blin Guillaume, Hamel Sylvie, Rizzi Roméo, Aluru Srinivas. An Algorithmic View on Multi-related-segments: a new unifying model for approximate common interval. Manindra Agrawal, S. Barry Cooper, and Angsheng Li. 9th annual conference on Theory and Applications of Models of Computation (TAMC), May 2012, Beijing, China. Springer-Verlag, 7287, 10pp., LNCS

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Blin Guillaume, Bonizzoni Paola, Dondi Riccardo, Rizzi Romeo, Sikora Florian. Complexity Insights of the Minimum Duplication Problem. 38th International Conference on Current Trends in Theory and Practice of Computer Science (SOFSEM 2012), Jan 2012, Špindleruv Mlýn, Czech Republic. 19pp.

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2011

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Blin Guillaume, Fertin Guillaume, Mohamed-Babou Hafedh, Rusu Irena, Sikora Florian, Vialette Stéphane. Algorithmic Aspects of Heterogeneous Biological Networks Comparison. 5th International Conference on Combinatorial Optimization and Applications (COCOA 2011), 2011, Zhangjiajie, China. Springer, LNCS, pp. 272-286, Lecture Notes in Computer Science

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Blin Guillaume, Rizzi Romeo, Sikora Florian, Vialette Stéphane. Minimum Mosaic Inference of a Set of Recombinants. Potanin Alex and Viglas Taso. 17th Computing: the Australasian Theory Symposium (CATS'11), Jan 2011, Perth, Australia. ACS, 119, pp. 23-30, CRPIT

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Blin Guillaume, Rizzi Romeo, Vialette Stéphane. A Polynomial-Time Algorithm for Finding Minimal Conflicting Sets. 6th International Computer Science Symposium in Russia (CSR'11), 2011, St Petersbourg, Russian Federation. 6651, pp. 373-384, Lecture Notes in Computer Science

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2010

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Blin Guillaume, Sikora Florian, Vialette Stéphane. GraMoFoNe: a Cytoscape plugin for querying motifs without topology in Protein-Protein Interactions networks. Hisham Al-Mubaid. Bioinformatics and Computational Biology (BICoB'10), Mar 2010, Honolulu, United States. pp. 38–43, International Society for Computers and their Applications (ISCA)

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Blin Guillaume, Hamel Sylvie, Vialette Stéphane. Comparing RNA structures with biologically relevant operations cannot be done without strong combinatorial restrictions. Rahman Md. S. and Fujita S.. 4th Workshop on Algorithms and Computation (WALCOM'10), Feb 2010, Dhaka, Bangladesh, Bangladesh. Springer-Verlag, 5942, pp. 149-160, Lecture Notes in Computer Science

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Curé Olivier, Faye David Célestin, Blin Guillaume. Towards a better insight of RDF triples Ontology-guided Storage system abilities. 6th International Workshop on Scalable Semantic Web Knowledge Base Systems (SSWS'10), 2010, Shanghai, China. 10pp.

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Blin Guillaume, Rizzi Romeo, Vialette Stéphane. A faster algorithm for finding minimum Tucker submatrices. 6th Computability in Europe (CiE'10), 2010, Portugal. Springer, 6158, pp. 69-77, Lecture Notes in Computer Science

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2009

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Blin Guillaume, Fertin Guillaume, Sikora Florian, Vialette Stéphane. The Exemplar Breakpoint Distance for non-trivial genomes cannot be approximated. Das S. and Uehara R. Proc. 3rd Workshop on Algorithms and Computation (WALCOM 2009), 2009, Kolkata, India. Springer-Verlag, Lecture Notes in Computer Science (LNCS), pp. 357-368, Lecture Notes in Computer Science (LNCS)

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Blin Guillaume, Stoye Jens. Finding Nested Common Intervals Efficiently. Ciccarelli Francesca D. and Miklós István. 7th RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics (RECOMB-CG'09), Sep 2009, Budapest, Hungary. Springer-Verlag, 5817, pp. 59-69, Lecture Notes in Bioinformatics

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Blin Guillaume, Sikora Florian, Vialette Stéphane. Querying Protein-Protein Interaction Networks. Mandoiu Ion and Narasimhan Giri and Zhang Yanqing. 5th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA'09), May 2009, Fort Lauderdale, United States. Springer-Verlag, 5542, pp. 52-62, LNBI

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2007

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Blin Guillaume, Fertin Guillaume, Herry Gaël, Vialette Stéphane. Comparing RNA Structures: Towards an Intermediate Model Between the EDIT and the LAPCS Problems. Sagot Marie-France and Telles Walter Maria Emilia. Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB 2007), Aug 2007, Angra dos Reis, Brazil. Springer-Verlag, Lecture Notes in BioInformatics (LNBI), pp. 101-112, Lecture Notes in BioInformatics (LNBI)

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Blin Guillaume, Fertin Guillaume, Rusu Irena, Sinoquet Christine. Extending the Hardness of RNA Secondary Structure Comparison. Chen Bo and Paterson Mike and Zhang Guochuan. 1st International Symposium on Combinatorics, Algorithms, Probabilistic and Experimental Methodologies (ESCAPE 2007), Apr 2007, Hangzhou, China. Springer-Verlag, 4614, pp. 140-151, Lecture Notes in Computer Science (LNCS)

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2006

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Blin Guillaume, Blais Eric, Guillon Pierre, Blanchette Mathieu, El-Mabrouk Nadia. Inferring Gene Orders from Gene Maps using the Breakpoint Distance. Bourque Guillaume and El-Mabrouk Nadia. 4th Annual RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics (RECOMB-CG'06), Sep 2006, Montréal, Canada. Springer-Verlag, 4205, pp. 99-112, LNBI

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Blin Guillaume, Chateau Annie, Chauve Cedric, Gingras Yannick. Inferring Positional Homologs with Common Intervals of Sequences. Bourque Guillaume and El-Mabrouk Nadia. 4th Annual RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics (RECOMB-CG'06), Sep 2006, Montreal, Canada. Springer-Verlag, 4205, pp. 24-38, LNBI

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Blin Guillaume, Touzet Helene. How to compare arc-annotated sequences: The alignment hierarchy. Crestani Fabio and Ferragina Paolo and Sanderson Mark. 13th String Processing and Information Retrieval, Oct 2006, Glasgow, United Kingdom. Springer Verlag, 4209, pp. 291-303, Lecture Notes in Computer Sciences

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2005

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Blin Guillaume, Rizzi Roméo. Conserved Interval Distance Computation Between Non-trivial Genomes. Wang Lusheng. 11th Annual International Conference Computing and Combinatorics (COCOON'05), Aug 2005, Kunming, China, China. Springer-Verlag, 3595, pp. 22-31, LNCS

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Blin Guillaume, Fertin Guillaume, Rizzi Romeo, Vialette Stéphane. What Makes the Arc-Preserving Subsequence Problem Hard?. S. Sunderam Vaidy and van Albada G. Dick and M. A. Sloot Peter and Dongarra Jack. 5th Int. Workshop on Bioinformatics Research and Applications (IWBRA'05), May 2005, Atlanta, GA, USA, United States. Springer-Verlag, 3515, pp. 860-868, LNCS

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Blin Guillaume, Chauve Cedric, Fertin Guillaume. Genes Order and Phylogenetic Reconstruction: Application to $\gamma$-Proteobacteria. McLysaght Aoife and H. Huson Daniel. 3rd Annual RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics (RECOMB-CG'05), Sep 2005, Dublin, Ireland, Ireland. Springer-Verlag, 3678, pp. 11-20, LNCS

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Blin Guillaume, Fertin Guillaume, Hermelin Danny, Vialette Stéphane. Fixed-Parameter Algorithms for Protein Similarity Search Under mRNA Structure Constraints. Kratsch Dieter. 31st International Workshop on Graph-Theoretic Concepts in Computer Science (WG'05), Jun 2005, Metz, France, France. Springer-Verlag, 3787, pp. 271-282, LNCS

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2004

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Blin Guillaume, Fertin Guillaume, Rizzi Roméo, Vialette Stéphane. Pattern Matching in Arc-Annotated Sequences: New Results for the APS Problem. 5th Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM'04), 2004, Montréal, Quebec, Canada. IEEE Computer Society, 12 pp.

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Blin Guillaume, Fertin Guillaume, Chauve Cedric. The breakpoint distance for signed sequences. 1st Conference on Algorithms and Computational Methods for biochemical and Evolutionary Networks (CompBioNets'04), Dec 2004, Recife, Brazil, Brazil. King's College London publications, 3, pp. 3-16, Texts in Algorithms

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Blin Guillaume, Fertin Guillaume, Vialette Stéphane. New Results for the 2-Interval Pattern Problem. Sahinalp Suleyman Cenk and Muthukrishnan S. and Dogrusoz Ugur. 15th Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM'04), Jul 2004, Istanbul, Turkey, Turkey. Springer-Verlag, 3109, pp. 311-322, LNCS

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Thèses

2005

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Blin Guillaume. Combinatoire and Bio-informatique : Comparaison de structures d'ARN et calcul de distances intergénomiques. Université de Nantes, Nov. 2005. French

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Communications sans actes

2009

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Blin Guillaume, Crochemore Maxime, Hamel Sylvie, Vialette Stéphane. Finding the median of three permutations under the Kendall-tau distance. 7th annual international conference on Permutation Patterns, Jul 2009, Firenze, Italy.

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Preprint, Working Paper, Document sans référence, etc.

2008

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Blin Guillaume, Hamel Sylvie, Vialette Stéphane. Comparing RNA structures using a full set of biologically relevant edit operations is intractable. Dec. 2008. 7 pages

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