Guillaume Blin

Laboratoire d'informatique Gaspard-Monge

UMR 8049 LIGM

 
  Bureau 4B066 -- Cité Descartes, Bât Copernic -- 5, bd Descartes
Champs sur Marne 77454 Marne-la-Vallée Cedex 2   		  +33.1.60.95.77.49
+33.1.60.95.75.57
 
 
> Home
  + Contact me
  + CV
  + IGM
  + UPEMLV
 > Teaching
> Research
> Interesting conferences
> Me, Myself & I












  > Home > CV

CV

BLIN Guillaume

Office: 4B066 Copernic
Tel: 01 60 95 77 49
Mail: encrypted
Coordonnées :: Formation Universitaire
Formation Professionnelle :: Enseignements :: Publis

Coordonnées professionnelles:

Institut Gaspard Monge (IGM) – Bureau 4B066
Bâtiment Copernic - Université de Marne la Vallée
5 Boulevard Descartes – Champs sur Marne
77454 Marne la Vallée Cedex 02

Né le 21 décembre 1979 à St Germain en Laye (78) – Nationalité française

Situation actuelle: Maître de conférences à l'Université de Marne-la-Vallée

Formation Universitaire

  • 2002 à 2005 -- Doctorat de l'Université de Nantes, spécialité Informatique, soutenu le 17 novembre 2005, mention très honorable.
    • Titre: Combinatoire et Bio-informatique: Comparaison de structures d'ARN et Calcul de distances intergénomiques.
    • Lieu de soutenance: UFR Sciences et Techniques, Université de Nantes
    • Directeur de thèse: Irena RUSU, Professeur d'Université, Université de Nantes
    • Encadrant de thèse: Guillaume FERTIN, Professeur d'Université, Université de Nantes
    • Laboratoire d'accueil: Laboratoire d'Informatique de Nantes Atlantique (FRE CNRS 2729), équipe Combinatoire et Bio-informatique (Combi)
    • Financement: Bourse MENRT et contrat de moniteur
    • Jury:
      • Président: Guillaume FERTIN, Professeur d'Université, Université de Nantes
      • Rapporteurs:
        • Marie-France SAGOT, Directrice de recherche, INRIA Rhône-Alpes
        • Hélène TOUZET, Chargée de recherche CNRS (CR1), Université de Lille
      • Examinateurs:
        • Romeo RIZZI, Professeur d'Université, Università degli Studi di Trento (Italie)
        • Irena RUSU, Professeur d'Université, Université de Nantes
        • Stéphane VIALETTE, Maître de conférences, Université Paris-Sud (Orsay)
  • 2001-2002 -- DEA Informatique à l'Université de Nantes
    • Titre du mémoire: Construction d’un environnement d’opérationalisation d’ontologies
    • Thématique de recherche: Intelligence Artificielle
    • Date de soutenance: Septembre 2002
    • Lieu de soutenance: UFR Sciences et Techniques, Université de Nantes
    • Responsables scientifiques:
      • Michel LECLERE, Université de Montpellier 2
      • Franky TRICHET, Maître de conférences, Université de Nantes
    • Laboratoire d'accueil: Institut de Recherche en Informatique de Nantes (IRIN)
  • 2000-2001 -- Maîtrise Informatique à l'Université de Nantes
  • 1999-2000 -- Licence Informatique à l'Université de Nantes
  • 1997-1999 -- DUT en programmation à l'IUT de Nantes
  • 1997 -- Baccalauréat en Sciences (Option SVT) à Rennes
  • Jusqu'en 1997 -- Préparation du Baccalauréat à Paris
Coordonnées :: Formation Universitaire
Formation Professionnelle :: Enseignements :: Publis

Formation Professionnelle

  • 2006 à nos jours -- Maître de conférences à l'Université de Marne la Vallée
  • 2005-2006 -- ATER à l'Université de Marne la Vallée
  • 2002-2005 -- Moniteur - Allocataire MENRT - Université de Nantes
  • 2000-2002 -- Enseignant vacataire à l'Université de Nantes
  • 1999 -- Stage de 2 mois pour la validation du DUT au sein d'une SSII
Coordonnées :: Formation Universitaire
Formation Professionnelle :: Enseignements :: Publis

Expérience d'enseignement

  • De 1999 à 2006
  • 2006-2007
  • 2007-2008 -- 240h équi. TDs
    • Master 1
      • Soutenance de stages (juin 2007) - 4h
      • Java Avancé (1er semestre) - 24h de TDs
      • Java Réseau (2nd semestre) - 24h de TDs
      • Informatique Génomique (option du 2nd semestre) - 24h de CMi
      • Total : 88h équi. TDs
    • Licence 3
      • Architecture des ordinateurs (2nd semestre) - 24h de TDs
      • Total : 24h équi. TDs
    • IR 1
      • Algorithmique slot 1 et 2 (1er et 2nd semestres) - 20h (10+10) de TDs [+ 4h TP Noté] +4h (remplacement L.B.)
      • Architecture des ordinateurs (2nd semestre - 2 groupes) - 24h de TDs
      • Programmation C slot 1 et 2 (1er et 2nd semestres) - 20h (10+10) de TDs
      • Total : 72h équi. TDs
    • IR 2
      • Java Avancé (1er semestre) - 2h surveillance TPNoté
      • Concurrents et E/S (1er semestre) - 12h de TDs + 2h surveillance TPNoté
      • Applications réseaux (1er semestre et 2nd semestre) - 24h de TDs
      • Total : 40h équi. TDs
    • IR 3
      • XML et XSLT (1er semestre) - 12h de TDs + 4h surveillance TPNoté
      • Total : 16h équi. TDs

Synthèse:
Ces dernières années, j'ai effectué des enseignements à plusieurs niveaux, dans différentes filières et sur divers sujets. J'ai eu l'opportunité d'enseigner dans des types d'instituts (IUT, Faculté, IUP, Ingénieur 2000) et des formations (DUT, Licence, Licence professionnelle, Maîtrise) très variés. La plus grande partie de mes enseignements ont eu lieu à l'UFR Sciences et Techniques de l'Université de Nantes et l'Université de Marne la Vallée. Durant mes années de maîtrise et DEA, j'ai effectué une charge d'enseignement de plus d'une centaine d'heures de TP et une quarantaine d'heures de TD sous la forme de vacations au sein de la Faculté de Droit et de l'IUT de Nantes. Lors de mes trois années de monitorat, j'ai effectué chaque année une charge d'enseignement de 64 heures équivalent TD. J'ai par la suite effectué un service de 96 heures équivalent TD à l'Université de Marne la Vallée en qualité de ATER (demi-poste). Depuis, j'effectue uen charge "normale" de Maître de conférences avec une moyenne de 200 heures équivalents TD par an.

Description des formations atypiques:

  • Ingénieur 2000 - Informatique et Réseaux: Le Centre de Formation des Apprentis de l'Industrie, Ingénieurs 2000, propose des formations d'ingénieur en trois ans sous contrat d'apprentissage. Elles s'adressent aux jeunes âgés de moins de 26 ans détenteurs d'un BTS ou d'un DUT. Chaque année, l'apprenti suit une formation avec une alternance progressive. Ainsi les séquences académiques et professionnelles se succèdent et se complètent pour aboutir à l'obtention d'un diplôme d'ingénieur habilité par la Commission des Titres d'Ingénieur (CTI) dans la spécialité « Informatique et Réseaux ».
  • Licence professionnelle dispensée à l'IUT de Nantes, mention : Systèmes informatiques et logiciels,Spécialité : Développement d'applications réparties: L'objectif de cette licence professionnelle est la formation d'informaticiens ayant des compétences leur permettant d'assurer le développement d'applications dans un environnement réparti. Les compétences développées s'articulent autour de : Internet (Intranet/Extranet) ; problématiques client/serveur ; méthodes de spécifications, de conception et de développement ; efficacité, performance et sécurité des moyens mis en oeuvre ; traitements répartis ; bases de données réparties ; interfaces ergonomiques.
  • Licence Méthodes Informatiques Appliquées à la Gestion des Entreprises dispensée à l'IUP de Nantes: La filière MIAGE vise à former des cadres spécialisés dans l'ingénierie des systèmes d'information et de décision des entreprises. Ces cadres doivent être capables d'optimiser le fonctionnement actuel et futur d'une organisation par les méthodes et technologies de l'informatique dans le respect des attentes fonctionnelles, techniques, juridiques et financières.

Encadrement d'étudiants:

  • Encadrement de six étudiants en maîtrise informatique dans le cadre de leurs Travail d'Etude et de Recherche à Nantes entre 2002 et 2005
  • Encadrement de deux étudiants en master 1 de bio-informatique dans le cadre de leurs TER en 2005
  • Encadrement en tant que tuteur enseignant de 5 étudiants Ingénieur depuis 2006
    • Pierre Fraissinet en IR1 -- 2006
    • Aurélien Larive en IR1, puis en IR2 -- 2006-2008
    • Frédéric Daroussi en IR1 -- 2007-2008
    • Xavier Dalla-Vecchia en IR1 -- 2007-2008
    • Thibaut Hardy en IR1 -- 2007-2008
  • Encadrement d'un stagiaire de Master 2 Recherche sur les réseaux d'intéractions protéiques -- Florian Sikora en 2007-2008

Coordonnées :: Formation Universitaire
Formation Professionnelle :: Enseignements :: Publis

Publications

-- Toutes mes publications au format bibtex

Journals  (-)

  1. [bib]Guillaume Blin, Florian Sikora, and Stéphane Vialette. Querying Graphs in Protein-Protein Interactions Networks using Feedback Vertex Set. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics.  2010. Note: Special Issue-ISBRA 2009-Bioinformatics Research and Applications To appear

  2. [bib]Guillaume Blin, Alain Denise, Serge Dulucq, Claire Herrbach, and Hélène Touzet. Alignment of RNA structures. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics.  2008. Note: To appear

  3. [bib]Guillaume Blin, Guillaume Fertin, Danny Hermelin, and Stéphane Vialette. Fixed-Parameter Algorithms For Protein Similarity Search Under mRNA Structure Constraints. Journal of Discrete Algorithms. 6 (4).  December 2008. pp. 618–626.

  4. [bib]Guillaume Blin, Guillaume Fertin, and Stéphane Vialette. Extracting Constrained 2-Interval Subsets in 2-Interval Sets. Theoretical Computer Science. 385 (1-3).  2007. pp. 241–263.

  5. [bib]Guillaume Blin, Eric Blais, Danny Hermelin, Pierre Guillon, Mathieu Blanchette, and Nadia El-Mabrouk. Gene Maps Linearization using Genomic Rearrangement Distances. Journal of Computational Biology. 14 (4).  2007. pp. 394–407.

  6. [bib]Guillaume Blin, Cedric Chauve, Guillaume Fertin, Romeo Rizzi, and Stéphane Vialette. Comparing genomes with duplications: a computational complexity point of view. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 4 (4).  October 2007. pp. 523–534.

  7. [bib]Guillaume Blin, Guillaume Fertin, Romeo Rizzi, and Stéphane Vialette. What Makes the Arc-Preserving Subsequence Problem Hard?. Transactions on Computational Systems Biology II. vol. 3680. 2005. pp. 1–36.

In proceedings  (-)

  1. [bib]Guillaume Blin, Sylvie Hamel, and Stéphane Vialette. Comparing RNA structures with biologically relevant operations cannot be done without strong combinatorial restrictions. In, Md. S. Rahman, S. Fujita, editors, 4th Workshop on Algorithms and Computation (WALCOM'10). vol. 5942. Lecture Notes in Computer Science.  Dhaka, Bangladesh.  10-12 February 2010. pp. 149–160.Springer-Verlag.  Note: arXiv:0812.3946

  2. [bib]Guillaume Blin, Florian Sikora, and Stéphane Vialette. GraMoFoNe: a Cytoscape plugin for querying motifs without topology in Protein-Protein Interactions networks. 2nd International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (BICoB'10). International Society for Computers and their Applications (ISCA).  24-26 March 2010. Note: To appear hal-00425661

  3. [bib]Guillaume Blin, Guillaume Fertin, Florian Sikora, and Stéphane Vialette. The Exemplar Breakpoint Distance for non-trivial genomes cannot be approximated. In, S. Das, R. Uehara, editors, 3rd Annual Workshop on Algorithms and Computation (WALCOM'09). vol. 5431. LNCS.  Kolkata, India.  18-20 February 2009. pp. 357–368.Springer-Verlag.

  4. [bib]Guillaume Blin, Florian Sikora, and Stéphane Vialette. Querying Protein-Protein Interaction Networks. In, S Istrail, P Pevzner, M. Waterman, editors, 5th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA'09). vol. 5542. LNBI.  Fort Lauderdale, FL, USA.  13-16 May 2009. pp. 52–62.Springer-Verlag.

  5. [bib]Guillaume Blin and Jens Stoye. Finding Nested Common Intervals Efficiently. In, Francesca D. Ciccarelli, István Miklós, editors, 7th RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics (RECOMB-CG'09). vol. 5817. Lecture Notes in Bioinformatics.  Budapest, Hungary.  27-29 September 2009. pp. 59–69.Springer-Verlag.

  6. [bib]Guillaume Blin, Guillaume Fertin, Irena Rusu, and Christine Sinoquet. Extending the Hardness of RNA Secondary Structure Comparison. In, Bo Chen, Mike Paterson, Guochuan Zhang, editors, 1st intErnational Symposium on Combinatorics, Algorithms, Probabilistic and Experimental methodologies (ESCAPE'07). vol. 4614. LNCS.  Hangzhou, China. April 2007. pp. 140–151.Springer-Verlag.

  7. [bib]Guillaume Blin, Guillaume Fertin, Gaël Herry, and Stéphane Vialette. Comparing RNA structures: towards an intermediate model between the EDIT and the LAPCS problems. In, Marie-France Sagot, Maria Emilia Telles Walter, editors, 1st Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'07). vol. 4643. Lecture Notes in Bioinformatics.  Angra dos Reis, Brazil. August 2007. pp. 101–112.Springer-Verlag.

  8. [bib]Guillaume Blin and Hélène Touzet. How to Compare Arc-Annotated Sequences: The Alignment Hierarchy. In, Fabio Crestani, Paolo Ferragina, Mark Sanderson, editors, 13th String Processing and Information Retrieval (SPIRE'06). vol. 4209. LNCS.  Glasgow, UK. October 2006. pp. 291–303.Springer-Verlag.

  9. [bib]Guillaume Blin, Eric Blais, Pierre Guillon, Mathieu Blanchette, and Nadia El-Mabrouk. Inferring Gene Orders from Gene Maps using the Breakpoint Distance. In, Guillaume Bourque, Nadia El-Mabrouk, editors, 4th Annual RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics (RECOMB-CG'06). vol. 4205. LNBI.  Montréal, Quebec.  24-26 September 2006. pp. 99–112.Springer-Verlag.

  10. [bib]Guillaume Blin, Annie Chateau, Cedric Chauve, and Yannick Gingras. Inferring Positional Homologs with Common Intervals of Sequences. In, Guillaume Bourque, Nadia El-Mabrouk, editors, 4th Annual RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics (RECOMB-CG'06). vol. 4205. LNBI.  Montreal,Quebec. September 2006. pp. 24–38.Springer-Verlag.

  11. [bib]Guillaume Blin and Roméo Rizzi. Conserved Interval Distance Computation Between Non-trivial. In, Lusheng Wang, editors, 11th Annual International Conference Computing and Combinatorics (COCOON'05). vol. 3595. LNCS.  Kunming, China. August 2005. pp. 22–31.Springer-Verlag.

  12. [bib]Guillaume Blin, Guillaume Fertin, Danny Hermelin, and Stéphane Vialette. Fixed-Parameter Algorithms for Protein Similarity Search. In, Dieter Kratsch, editors, 31st International Workshop on Graph-Theoretic Concepts in Computer Science (WG'05). vol. 3787. LNCS.  Metz, France. June 2005. pp. 271–282.Springer-Verlag.

  13. [bib]Guillaume Blin, Guillaume Fertin, Romeo Rizzi, and Stéphane Vialette. What Makes the Arc-Preserving Subsequence Problem Hard?. In, Vaidy S. Sunderam, G. Dick van Albada, Peter M. A. Sloot, Jack Dongarra, editors, 5th Int. Workshop on Bioinformatics Research and Applications (IWBRA'05). vol. 3515. LNCS.  Atlanta, GA, USA. May 2005. pp. 860–868.Springer-Verlag.

  14. [bib]Guillaume Blin, Cedric Chauve, and Guillaume Fertin. Genes Order and Phylogenetic Reconstruction: Application to \gamma-Proteobacteria. In, Aoife McLysaght, Daniel H. Huson, editors, 3rd Annual RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics (RECOMB-CG'05). vol. 3678. LNCS.  Dublin, Ireland. September 2005. pp. 11–20.Springer-Verlag.

  15. [bib]Guillaume Blin, Guillaume Fertin, Roméo Rizzi, and Stéphane Vialette. Pattern Matching in Arc-Annotated Sequences: New Results for the APS Problem. 5th Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM'04).  Montréal, Quebec. 2004.IEEE Computer Society.

  16. [bib]Guillaume Blin, Guillaume Fertin, and Cedric Chauve. The breakpoint distance for signed sequences. 1st Conference on Algorithms and Computational Methods for biochemical and Evolutionary Networks (CompBioNets'04). vol. 3. Texts in Algorithms.  Recife, Brazil. December 2004. pp. 3–16.King's College London publications.

  17. [bib]Guillaume Blin, Guillaume Fertin, and Stéphane Vialette. New Results for the 2-Interval Pattern Problem. In, Suleyman Cenk Sahinalp, S. Muthukrishnan, Ugur Dogrusoz, editors, 15th Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM'04). vol. 3109. LNCS.  Istanbul, Turkey. July 2004. pp. 311–322.Springer-Verlag.

Collections, books and book chapters  (-)

  1. [bib]Guillaume Blin, Maxime Crochemore, and Stéphane Vialette. Algorithmic Aspects of Arc-Annotated Sequences. Algorithms in Computational Molecular Biology: Techniques, Approaches and Applications. Wiley.  2009.

Phd thesis   (-)

  1. [bib]Guillaume Blin. Combinatoire and Bio-informatique : Comparaison de structures d'ARN et calcul de distances intergénomiques. Thèse de doctorat. Université de Nantes.  2005. Note: Jury : Rusu, Irena, Fertin, Guillaume, Sagot, Marie-France and Touzet, Hélène, Rizzi, Roméo and Vialette, Stéphane (168 pp.)

Other   (-)

  1. [bib]Guillaume Blin, David Faye, and Jens Stoye. Finding Nested Common Intervals Efficiently. Université Paris Est, I.G.M..  December 2009.http://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00441160/fr/ Note: electronic version (24 pp.) Preprint hal-00441160

  2. [bib]Guillaume Blin, Maxime Crochemore, Sylvie Hamel, and Stéphane Vialette. Finding the median of three permutations under the Kendall-tau distance. Extended Abstract in the 7th annual international conference on Permutation Patterns, University of Firenze, Italy..  July 2009. Note: electronic version (6 pp.)

  3. [bib]Guillaume Blin, Guillaume Fertin, Irena Rusu, and Christine Sinoquet. RNA Sequences and the EDIT(NESTED,NESTED) problem. Institut de Recherche en Informatique de Nantes. RR-IRIN-03.07.  July 2003.
Guillaume Blin -- 2010