Chapitre d'ouvrage

2004

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Roman Kolpakov, Gregory Kucherov. Periodic Structures in Words. none. 3rd Lothaire volume Applied Combinatorics on Words, Cambridge University Press, pp.399-442, 2004. ⟨inria-00100125⟩

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Article dans une revue

2017

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Gregory Kucherov, Yakov Nekrich. Full-Fledged Real-Time Indexing for Constant Size Alphabets. Algorithmica, 2017, 79 (2), pp.387-400. ⟨10.1007/s00453-016-0199-7⟩. ⟨hal-01802943⟩

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2016

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Gregory Kucherov, Kamil Salikhov, Dekel Tsur. Approximate string matching using a bidirectional index. Theoretical Computer Science, 2016, 638, pp.145-158. ⟨10.1016/j.tcs.2015.10.043⟩. ⟨hal-01802942⟩

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Karel Brinda, Valentina Boeva, Gregory Kucherov. RNF: a general framework to evaluate NGS read mappers. Bioinformatics, 2016, 32 (1), pp.136-139. ⟨10.1093/bioinformatics/btv524⟩. ⟨hal-01220199v2⟩

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2015

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Karel Brinda, Maciej Sykulski, Gregory Kucherov. Spaced seeds improve k-mer-based metagenomic classification. Bioinformatics, 2015, ⟨10.1093/bioinformatics/btv419⟩. ⟨hal-01250752⟩

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2014

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Kamil Salikhov, Gustavo Sacomoto, Gregory Kucherov. Using cascading Bloom filters to improve the memory usage for de Brujin graphs. Algorithms for Molecular Biology, 2014, 9 (1), pp.2. ⟨10.1186/1748-7188-9-2⟩. ⟨hal-00971576⟩

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Tsvi Kopelowitz, Gregory Kucherov, Yakov Nekrich, Tatiana Starikovskaya. Cross-Document Pattern Matching. Journal of Discrete Algorithms, 2014, 24, pp.40-47. ⟨10.1016/j.jda.2013.05.002⟩. ⟨hal-00842364⟩

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Tamar Pinhas, Nimrod Milo, Gregory Kucherov, Michal Ziv-Ukelson. Algorithms for path-constrained sequence alignment. Journal of Discrete Algorithms, 2014, 24, pp.48-58. ⟨10.1016/j.jda.2013.09.003⟩. ⟨hal-00824726⟩

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2013

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Gregory Kucherov, Lilla Tóthmérész, Stéphane Vialette. On the combinatorics of suffix arrays. Information Processing Letters, 2013, 113 (22-24), pp.915-920. ⟨10.1016/j.ipl.2013.09.009⟩. ⟨hal-00864634⟩

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Gregory Kucherov. On-line construction of position heaps. Journal of Discrete Algorithms, 2013, 20 (May), pp.3-11. ⟨10.1016/j.jda.2012.08.002⟩. ⟨hal-00790301⟩

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2012

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Michal Startek, Slawomir Lasota, Maciej Sykulski, Adam Bulak, Laurent Noé, et al.. Efficient alternatives to PSI-BLAST. Bulletin of the Polish Academy of Sciences: Technical Sciences, 2012, 60 (3), pp.495-505. ⟨10.2478/v10175-012-0063-0⟩. ⟨hal-00749016⟩

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2011

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Gregory Kucherov, Tamar Pinhas, Michal Ziv-Ukelson. Regular expression constrained sequence alignment revisited. Journal of Computational Biology, 2011, 18 (5), pp.771-781. ⟨10.1089/cmb.2010.0291⟩. ⟨hal-00790008⟩

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2010

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Ségolène Caboche, Valérie Leclère, Maude Pupin, Gregory Kucherov, Philippe Jacques. Diversity of monomers in nonribosomal peptides: towards the prediction of origin and biological activity.. Journal of Bacteriology, 2010, 192 (19), pp.5143-50. ⟨10.1128/JB.00315-10⟩. ⟨hal-00641488⟩

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Marta Gîrdea, Laurent Noé, Gregory Kucherov. Back-translation for discovering distant protein homologies in the presence of frameshift mutations. Algorithms for Molecular Biology, 2010, 5 (1), pp.6. ⟨10.1186/1748-7188-5-6⟩. ⟨hal-00784444⟩

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Laurent Noé, Marta Gîrdea, Gregory Kucherov. Designing Efficient Spaced Seeds for SOLiD Read Mapping.. Advances in Bioinformatics, 2010, ⟨10.1155/2010/708501⟩. ⟨inria-00527029⟩

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2009

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Mikhail A. Roytberg, Anna Gambin, Laurent Noé, Slawomir Lasota, Eugenia Furletova, et al.. On subset seeds for protein alignment. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2009, 6 (3), pp.483-494. ⟨10.1109/TCBB.2009.4⟩. ⟨inria-00354773⟩

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Ségolène Caboche, Maude Pupin, Valérie Leclère, Philippe Jacques, Gregory Kucherov. Structural pattern matching of nonribosomal peptides.. BMC Structural Biology, 2009, 9 (15), ⟨10.1186/1472-6807-9-15⟩. ⟨hal-00641486⟩

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2008

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Ségolène Caboche, Maude Pupin, Valérie Leclère, Arnaud Fontaine, Philippe Jacques, et al.. NORINE: a database of nonribosomal peptides.. Nucleic Acids Research, 2008, Database issue, 36 (Database issue), pp.D326-31. ⟨10.1093/nar/gkm792⟩. ⟨inria-00281012⟩

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Fabrice Touzain, Sophie Schbath, Isabelle Debled-Rennesson, Bertrand Aigle, Gregory Kucherov, et al.. SIGffRid: A tool to search for sigma factor binding sites in bacterial genomes using comparative approach and biologically driven statistics. BMC Bioinformatics, 2008, 9 (73), pp.on line. ⟨10.1186/1471-2105-9-73⟩. ⟨inria-00580657⟩

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Pierre Peterlongo, Laurent Noé, Dominique Lavenier, van Hoa Nguyen, Gregory Kucherov, et al.. Optimal neighborhood indexing for protein similarity search. BMC Bioinformatics, 2008, 9 (534), ⟨10.1186/1471-2105-9-534⟩. ⟨inria-00340510⟩

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2007

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Miklós Csűrös, Laurent Noé, Gregory Kucherov. Reconsidering the significance of genomic word frequencies.. Trends in Genetics, 2007, 23 (11), pp.543-6. ⟨10.1016/j.tig.2007.07.008⟩. ⟨inria-00448737⟩

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2006

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Gregory Kucherov, Laurent Noé, Mihkail Roytberg. A unifying framework for seed sensitivity and its application to subset seeds.. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2006, 4 (2), pp.553-69. ⟨10.1142/S0219720006001977⟩. ⟨hal-00018114v2⟩

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2005

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Laurent Noé, Gregory Kucherov. YASS: enhancing the sensitivity of DNA similarity search.. Nucleic Acids Research, 2005, 33 (Web Server issue), pp.W540-W543. ⟨10.1093/nar/gki478⟩. ⟨inria-00448742⟩

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Gregory Kucherov, Laurent Noé, Mikhail Roytberg. Multi-seed lossless filtration. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2005, 2 (1), pp.51--61. ⟨10.1109/TCBB.2005.12⟩. ⟨inria-00000718⟩

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Gregory Kucherov, Laurent Noé, Mikhail A. Roytberg. Multiseed Lossless Filtration. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2005, 2 (1), pp.51-61. ⟨10.1109/TCBB.2005.12⟩. ⟨inria-00354810⟩

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2004

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Laurent Noé, Gregory Kucherov. Improved hit criteria for DNA local alignment.. BMC Bioinformatics, 2004, 5 (149), pp.1-9. ⟨10.1186/1471-2105-5-149⟩. ⟨inria-00448743⟩

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Jean-Pierre Duval, Roman Kolpakov, Gregory Kucherov, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre. Linear-Time Computation of Local Periods. Theoretical Computer Science, 2004, 326 (1-3), pp.229-240. ⟨10.1016/j.tcs.2004.06.024⟩. ⟨inria-00100127⟩

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2003

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Roman Kolpakov, Ghizlane Bana, Gregory Kucherov. mreps: efficient and flexible detection of tandem repeats in DNA. Nucleic Acids Research, 2003, 31 (13), pp.3672-3678. ⟨inria-00099597⟩

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Gregory Kucherov, Pascal Ochem, Michael Rao. How many square occurrences must a binary sequence contain?. The Electronic Journal of Combinatorics, 2003, 10 (1), 11 p. ⟨10.37236/1705⟩. ⟨inria-00099596⟩

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Roman Kolpakov, Gregory Kucherov. Finding approximate repetitions under Hamming distance. Theoretical Computer Science, 2003, 303 (1), pp.135-156. ⟨10.1016/S0304-3975(02)00448-6⟩. ⟨inria-00099592⟩

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Gregory Kucherov, Pascal Ochem, Michael Rao. How Many Square Occurrences Must a Binary Sequence Contain?. The Electronic Journal of Combinatorics, 2003, 10, pp.R12. ⟨hal-00307205⟩

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2000

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Roman Kolpakov, Gregory Kucherov. On Maximal Repetitions in Words. Journal of Discrete Algorithms, 2000, 1 (1), pp.159-186. ⟨inria-00099092⟩

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Vladimir Grebinski, Gregory Kucherov. Optimal Reconstruction of Graphs under the Additive Model. Algorithmica, 2000, 28 (1), pp.104-124. ⟨10.1007/s004530010033⟩. ⟨inria-00099091⟩

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1999

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Roman Kolpakov, Gregory Kucherov, Yuri Tarannikov. On repetition-free binary words of minimal density. Theoretical Computer Science, 1999, 218 (1), pp.161--175. ⟨10.1016/S0304-3975(98)00257-6⟩. ⟨inria-00098854⟩

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David Plaisted, Gregory Kucherov. The complexity of some complementation problems. Information Processing Letters, 1999, 71 (3-4), pp.159-165. ⟨inria-00098851⟩

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1998

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Vladimir Grebinski, Gregory Kucherov. Reconstructing a Hamiltonian Cycle by Querying the Graph: Application to DNA Physical Mapping. Discrete Applied Mathematics, 1998, 88 (1-3), pp.147-165. ⟨inria-00098545⟩

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Communication dans un congrès

2017

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Maxime Crochemore, Alice Héliou, Gregory Kucherov, Laurent Mouchard, Solon P Pissis, et al.. Minimal Absent Words in a Sliding Window and Applications to On-Line Pattern Matching. Fundamentals of Computation Theory, Sep 2017, Bordeaux, France. pp.164 - 176, ⟨10.1007/978-3-662-55751-8_14⟩. ⟨hal-01616485⟩

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2016

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Maxime Crochemore, Roman Kolpakov, Gregory Kucherov. Optimal Bounds for Computing α-gapped Repeats. 10th International Conference on Language and Automata Theory and Applications (LATA), , Mar 2016, Prague, Czech Republic. pp.245 - 255, ⟨10.1007/978-3-319-30000-9_19⟩. ⟨hal-01577120⟩

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2015

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Pawel Gawrychowski, Gregory Kucherov, Benjamin Sach, Tatiana Starikovskaya. Computing the Longest Unbordered Substring. Proc. of the 22nd International Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE), September 1-4, 2015, London, UK, Sep 2015, London, United Kingdom. pp.12, ⟨10.1007/978-3-319-23826-5_24⟩. ⟨hal-01250721⟩

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Alexander Loptev, Gregory Kucherov, Tatiana Starikovskaya. On Maximal Unbordered Factors. Proceedings of the 26th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM), June 29 - July 1, 2015, Ischia Island (Italy), Jun 2015, Ischia Island, Italy. pp.12, ⟨10.1007/978-3-319-19929-0_29⟩. ⟨hal-01250522⟩

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2014

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Gregory Kucherov, Dekel Tsur. Improved Filters for the Approximate Suffix-Prefix Overlap Problem. SPIRE 2014, Oct 2014, Ouro Preto, Brazil. pp.139-148, ⟨10.1007/978-3-319-11918-2_14⟩. ⟨hal-01086208⟩

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Gregory Kucherov, Kamil Salikhov, Dekel Tsur. Approximate String Matching Using a Bidirectional Index. CPM 2014, Jun 2014, Moscow, Russia. pp.222-231, ⟨10.1007/978-3-319-07566-2_23⟩. ⟨hal-01086206⟩

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2013

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Pawel Gawrychowski, Gregory Kucherov, Yakov Nekrich, Tatiana Starikovskaya. Minimal Discriminating Words Problem Revisited. 20th International Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE 2013), Oct 2013, Jerusalem, Israel. pp.129-140, ⟨10.1007/978-3-319-02432-5_17⟩. ⟨hal-00824740⟩

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Kamil Salikhov, Gustavo Sacomoto, Gregory Kucherov. Using cascading Bloom filters to improve the memory usage for de Brujin graphs. Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2013, Sophia Antipolis, France. 13p. ⟨hal-00824697⟩

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Gregory Kucherov, Yakov Nekrich. Full-fledged Real-Time Indexing for Constant Size Alphabets. ICALP'13, Jul 2013, Riga, Latvia. pp.650-660. ⟨hal-00790316⟩

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Widmer Bland, Gregory Kucherov, W.F. Smyth. Prefix Table Construction and Conversion. IWOCA, Jun 2013, Rouen, France. pp.41-53, ⟨10.1007/978-3-642-45278-9_5⟩. ⟨hal-00824756⟩

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2012

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Gregory Kucherov, Yakov Nekrich, Tatiana Starikovskaya. Computing discriminating and generic words. String Processing and Information Retrieval, Oct 2012, Cartagena de Indias, Colombia. pp.307-317, ⟨10.1007/978-3-642-34109-0_32⟩. ⟨hal-00789986⟩

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Gregory Kucherov, Yakov Nekrich, Tatiana Starikovskaya. Cross-document pattern matching. CPM 2012, Jul 2012, Helsinki, Finland. pp.196-207, ⟨10.1007/978-3-642-31265-6_16⟩. ⟨hal-00789975⟩

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2011

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Gregory Kucherov. On-Line Construction of Position Heaps. 18th International Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE 2011), Oct 2011, Pisa, Italy. pp.326-337, ⟨10.1007/978-3-642-24583-1_32⟩. ⟨hal-00681855⟩

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Roman Kolpakov, Gregory Kucherov, Tatiana Starikovskaya. Pattern Matching on Sparse Suffix Trees. Data Compression, Communications and Processing (CCP), University of Salerno, Jun 2011, Palinuro, Italy. pp.92-97, ⟨10.1109/CCP.2011.45⟩. ⟨hal-00681844⟩

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Anna Gambin, Slawomir Lasota, Michal Startek, Maciej Sykulski, Laurent Noé, et al.. Subset seed extension to Protein BLAST. Bioinformatics 2011 - International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, Jan 2011, Rome, Italy. pp.149-158, ⟨10.5220/0003147601490158⟩. ⟨inria-00609791⟩

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2010

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Laurent Noé, Marta L. Gîrdea, Gregory Kucherov. Seed design framework for mapping SOLiD reads. RECOMB, Aug 2010, Lisbon, Portugal. pp.384-396, ⟨10.1007/978-3-642-12683-3_25⟩. ⟨inria-00484642⟩

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2009

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Marta L. Gîrdea, Laurent Noé, Gregory Kucherov. Back-translation for discovering distant protein homologies. the 9th International Workshop in Algorithms in Bioinformatics (WABI), Sep 2009, Philadelphia, United States. pp.108-120, ⟨10.1007/978-3-642-04241-6_10⟩. ⟨inria-00448741⟩

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2008

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Mihkail Roytberg, Anna Gambin, Laurent Noé, Slawomir Lasota, Eugenia Furletova, et al.. Efficient seeding techniques for protein similarity search. Proceedings of the 2nd International Conference BIRD, Jul 2008, Vienna, Austria. pp.466-478, ⟨10.1007/978-3-540-70600-7⟩. ⟨inria-00335564⟩

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2007

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Pierre Peterlongo, Laurent Noé, Dominique Lavenier, Gilles Georges, Julien Jacques, et al.. Protein similarity search with subset seeds on a dedicated reconfigurable hardware. Parallel Bio-Computing, Sep 2007, Gdansk,, Poland. ⟨inria-00178325⟩

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Gregory Kucherov, Laurent Noé, Mihkail Roytberg. Subset seed automaton. CIAA 2007, Jul 2007, Prague, Czech Republic. pp.180-191, ⟨10.1007/978-3-540-76336-9_18⟩. ⟨inria-00170414⟩

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2006

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Johanne Cohen, Fedor V. Fomin, Pinar Heggernes, Dieter Kratsch, Gregory Kucherov. Optimal Linear Arrangement of Interval Graphs. 31st International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science - MFCS 2006, Aug 2006, Stara Lesna/Slovakia, pp.267-279, ⟨10.1007/11821069⟩. ⟨inria-00115249⟩

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2005

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Mathieu Giraud, Laurent Noé, Gregory Kucherov, Dominique Lavenier. Recherches de motifs et de similarités en bioinformatique : modélisations, solutions logicielles et matérielles. MajecSTIC 2005 : Manifestation des Jeunes Chercheurs francophones dans les domaines des STIC, IRISA – IETR – LTSI, Nov 2005, Rennes/France, pp.18--37. ⟨inria-00001036⟩

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Fabrice Touzain, Sophie Schbath, Isabelle Debled-Rennesson, Bertrand Aigle, Pierre Leblond, et al.. SIGffRid : Programme de recherche des sites de fixation des facteurs de transcription par approche comparative. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques - JOBIM'05, Guy Perrière, Alain Guénoche et Christophe Geourjon, Jul 2005, Lyon, France. pp.417-425. ⟨inria-00000191⟩

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Mathilde Bouvel, Vladimir Grebinski, Gregory Kucherov. Combinatorial search on graphs motivated by bioinformatics applications: a brief survey. 31st International Workshop on Graph-Theoretic Concepts in Computer Science - WG'2005, Jun 2005, Metz/France, pp.16-27, ⟨10.1007/11604686_2⟩. ⟨inria-00000885⟩

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Gregory Kucherov, Laurent Noé, Mikhail Roytberg. A unifying framework for seed sensitivity and its application to subset seeds (Extended abstract). WABI, 2005, Majorca/Spain, Spain. ⟨inria-00001164⟩

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2004

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Gregory Kucherov, Laurent Noé, Mikhail A. Roytberg. Multi-seed lossless filtration (Extended abstract). Proceedings of the 15th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching - CPM'2004, Jul 2004, Istambul, Turkey. pp.297-310, ⟨10.1007/11557067_21⟩. ⟨inria-00001162⟩

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Gregory Kucherov, Laurent Noé, Yann Ponty. Estimating seed sensitivity on homogeneous alignments. 4th Symposium on Bioinformatics and bioengineering - BIBE'2004, May 2004, Taichung, Taiwan. pp.387-394, ⟨10.1109/BIBE.2004.1317369⟩. ⟨inria-00001163⟩

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Laurent Noé, Gregory Kucherov. YASS : Enhancing the sensitivity of DNA similarity search. Proceedings of the 4th International conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure - BGRS'2004, Institute of Cytology and Genetics, 2004, Novosibirsk, Russia, pp.289-292. ⟨inria-00100004⟩

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Alexey Vitreschak, Laurent Noé, Gregory Kucherov. Computer analysis of multiple repeats in bacteria. The fourth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure - BGRS'2004, 2004, Novosibirsk, Russia, 5 p. ⟨inria-00100088⟩

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Laurent Noé, Gregory Kucherov. Improved hit criteria for DNA local alignment. Proceedings of the 5th Open Days in Biology, Computer Science and Mathematics - JOBIM'2004, 2004, Montreal, Canada, 11 p. ⟨inria-00099999⟩

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2003

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Jean-Pierre Duval, Roman Kolpakov, Gregory Kucherov, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre. Linear-Time Computation of Local Periods. 28nd International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science - MFCS'03, Aug 2003, Bratislava, Slovakia, pp.388-397. ⟨inria-00099598⟩

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Gregory Kucherov, Laurent Noé. YASS : similarity search in DNA sequences. The Seventh Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology - RECOMB'03, Apr 2003, Berlin, Germany, 1 p. ⟨inria-00099599⟩

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Fabrice Touzain, Patricia Lavigne, Isabelle Debled-Rennesson, Bertrand Aigle, Pierre Leblond, et al.. Identification of Transcription Factor Binding Sites in Streptomyces coelicolor A3(2) by Phylogenetic Comparison. European Conference for Computer Biology - ECCB'2003, 2003, Paris, France. ⟨inria-00099608⟩

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Patricia Lavigne, Isabelle Debled-Rennesson, Bertrand Aigle, Pierre Leblond, Gregory Kucherov. Identification of transcription factor binding sites in the genome of Streptomyces coelicolor A3(2). 3ème Journées Post-Génomique de la DOUA 2003 - JPGD'03, 2003, Lyon, France. ⟨inria-00099609⟩

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2002

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Laurent Noé, Gregory Kucherov. A new method of finding similarity regions in DNA sequences. European Conference on Computational Biology - ECCB'2002, Oct 2002, Saarbrücken, Germany, pp.173-174. ⟨inria-00100859⟩

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Ghizlane Bana, Roman Kolpakov, Mathieu Giraud, Ralph Rabbat, Gregory Kucherov. mreps: a program for exhaustive search for tandem repeats in DNA sequences. Sixth Annual International Conference on Research in Computational Biology - RECOMB 2002, Apr 2002, Washington, DC, US. ⟨inria-00100869⟩

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2001

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Roman Kolpakov, Gregory Kucherov. Finding Approximate Repetitions under Hamming Distance. 9th European Symposium on Algorithms - ESA 2001, Aug 2001, Aarhus, Denmark, pp.170 -- 181. ⟨inria-00100491⟩

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2000

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Mathieu Giraud, Gregory Kucherov. Maximal Repetitions and Application to DNA sequences. Journées Ouvertes : Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM'2000, 2000, Montpellier/France, pp.165--172. ⟨inria-00107854⟩

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Roman Kolpakov, Gregory Kucherov. Finding Repeats With Fixed Gap. 7th International Symposium on String Processing & Information Retrieval - SPIRE 2000, 2000, Coruna, Spain, pp.162--168. ⟨inria-00107855⟩

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1999

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Gregory Kucherov, Michaël Rusinowitch. Patterns in words versus patterns in trees : a brief survey and new results. Andrei Ershov Third International Conference, Perspectives of system Informatics - PSI'99, 1999, Novosibirsk, Russia, pp.283-296. ⟨inria-00099009⟩

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Roman Kolpakov, Gregory Kucherov. Finding Maximal Repetitions in a Word in Linear Time. 1999 Symposium on Foundations of Computer Science - FOCS'99, IEEE Computer Society, 1999, New-York, USA, pp.596--604. ⟨inria-00098853⟩

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Vladimir Grebinski, Gregory Kucherov. Reconstructing Set Partitions. Tenth Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms - SODA'99, 1999, Baltimore, Maryland/US, pp.2. ⟨inria-00098744⟩

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1998

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Roman Kolpakov, Gregory Kucherov, Yuri Tarannikov. On repetition-free binary words of minimal density. 23rd International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science - MFCS'98, 1998, Brno/Czech Republic, pp.683-692, ⟨10.1007/BFb0055819⟩. ⟨inria-00098692⟩

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Autre publication scientifique

2009

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Elena Y. Harris, Thierry Lecroq, Gregory Kucherov, Stefano Lonardi. CPM's 20th Anniversary: A Statistical Retrospective. 2009. ⟨hal-00470114⟩

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Rapport

2013

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Gregory Kucherov, Dekel Tsur. Approximate String Matching using a Bidirectional Index. 2013. ⟨hal-00824706⟩

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2004

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Alexey Vitreschak, Sergey Hosid, Alexander Bolshoy, Gregory Kucherov. Computer analysis of rrn regulatory signals on both DNA sequence and structural levels in proteobacteria. [Intern report] A04-R-331 || vitreschak04a, 2004, 19 p. ⟨inria-00100228⟩

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Gregory Kucherov, Laurent Noé, Mikhail Roytberg. A unifying framework for seed sensitivity and its application to subset seeds. [Research Report] RR-5374, INRIA. 2004, pp.21. ⟨inria-00070629⟩

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2003

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Laurent Noé, Gregory Kucherov. YASS: Similarity search in DNA sequences. [Research Report] RR-4852, INRIA. 2003, pp.20. ⟨inria-00071731⟩

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Gregory Kucherov, Laurent Noé, Yann Ponty. Estimating seed sensitivity on homogeneous alignments. [Research Report] RR-5047, INRIA. 2003, pp.17. ⟨inria-00071536⟩

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2002

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Gregory Kucherov, Pascal Ochem, Michael Rao. How many square occurrences must a binary sequence contain. [Intern report] A02-R-277 || kucherov02a, 2002, 9 p. ⟨inria-00101070⟩

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2001

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Roman Kolpakov, Gregory Kucherov. Finding approximate repetitions under Hamming distance. [Research Report] RR-4163, INRIA. 2001, pp.30. ⟨inria-00072459⟩

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2000

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Roman Kolpakov, Gregory Kucherov. Finding Repeats With Fixed Gap. [Research Report] RR-3901, INRIA. 2000, pp.15. ⟨inria-00072753⟩

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1999

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Roman Kolpakov, Gregory Kucherov. On the sum of exponents of maximal repetitions in a word. [Intern report] 99-R-034 || kolpakov99a, 1999, 17 p. ⟨inria-00098792⟩

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David A. Plaisted, Gregory Kucherov. The Complexity of Some Complementation Problems. [Research Report] RR-3681, INRIA. 1999, pp.15. ⟨inria-00072990⟩

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1998

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Roman Kolpakov, Gregory Kucherov. Maximal Repetitions in Words or How to Find all Squares in Linear Time. [Intern report] 98-R-227 || kolpakov98b, 1998, 22 p. ⟨inria-00098737⟩

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1997

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Vladimir Grebinski, Gregory Kucherov. Optimal Reconstruction of Graphs Under the Additive Model. [Research Report] RR-3171, INRIA. 1997. ⟨inria-00073517⟩

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1993

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Gregory Kucherov, Michaël Rusinowitch. On the ground reducibility problem for word rewriting systems with variables. [Research Report] RR-1892, INRIA. 1993. ⟨inria-00074779⟩

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1990

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Gregory Kucherov. On relationship between term rewriting systems and regular tree languages. [Research Report] RR-1273, INRIA. 1990. ⟨inria-00075286⟩

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Pré-publication, Document de travail

2016

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Karel Brinda, Valentina Boeva, Gregory Kucherov. Dynamic read mapping and online consensus calling for better variant detection. 2016. ⟨hal-01323188⟩

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