Chapitre d'ouvrage

2018

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Philippe Gambette, Tita Kyriacopoulou, Nadège Lechevrel, Claude Martineau. Anatomie, animaux, vocabulaire de la vivisection : Construire des ressources lexicales pour visualiser une thématique dans un corpus littéraire. Gisèle Séginger. Animalhumanité - Expérimentation et fiction : l’animalité au cœur du vivant, LISAA, pp.223-231, 2018, Savoirs en Texte, 978-2-9566480-1-7. ⟨hal-01609198⟩

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Article dans une revue

2018

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Philippe Gambette, Andreas D.M. Gunawan, Anthony Labarre, Stéphane Vialette, Louxin Zhang. Solving the tree containment problem in linear time for nearly stable phylogenetic networks. Discrete Applied Mathematics, 2018, 246, pp.62-79. ⟨10.1016/j.dam.2017.07.015⟩. ⟨hal-01575001⟩

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2017

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Philippe Gambette, Katharina Huber, Guillaume Scholz. Uprooted Phylogenetic Networks. Bulletin of Mathematical Biology, 2017, 79 (9), pp.2022-2048. ⟨10.1007/s11538-017-0318-x⟩. ⟨hal-01570943⟩

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Annie Glatigny, Philippe Gambette, Alexa Bourand-Plantefol, Geneviève Dujardin, Marie-Hélène Mucchielli-Giorgi. Development of an in silico method for the identification of subcomplexes involved in the biogenesis of multiprotein complexes in Saccharomyces cerevisiae. BMC Systems Biology, 2017, 11 (67), pp.1-12. ⟨10.1186/s12918-017-0442-0⟩. ⟨hal-01560671⟩

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Philippe Gambette, Leo van Iersel, Mark Jones, Manuel Lafond, Fabio Pardi, et al.. Rearrangement Moves on Rooted Phylogenetic Networks. PLoS Computational Biology, 2017, 13 (8), pp.e1005611. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005611⟩. ⟨hal-01572624v2⟩

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Philippe Gambette, Katharina Huber, Steven Kelk. On the challenge of reconstructing level-1 phylogenetic networks from triplets and clusters. Journal of Mathematical Biology, 2017, 74 (7), pp.1729-1751. ⟨10.1007/s00285-016-1068-3⟩. ⟨hal-01391430⟩

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2016

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Philippe Gambette, Leo van Iersel, Steven Kelk, Fabio Pardi, Celine Scornavacca. Do branch lengths help to locate a tree in a phylogenetic network?. Bulletin of Mathematical Biology, 2016, 78 (9), pp.1773-1795. ⟨10.1007/s11538-016-0199-4⟩. ⟨hal-01372824⟩

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Nadège Lechevrel, Philippe Gambette. Une approche textométrique pour étudier la transmission des savoirs biologiques au XIXe siècle. Nouvelles perspectives en sciences sociales, 2016, 12 (1), pp.221-253. ⟨10.7202/1038375ar⟩. ⟨hal-01408455⟩

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2014

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Christophe Crespelle, Philippe Gambette. (Nearly-)tight bounds on the contiguity and linearity of cographs. Theoretical Computer Science, 2014, 522, pp.1-12. ⟨10.1016/j.tcs.2013.11.036⟩. ⟨hal-00915069⟩

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Rosa Cetro, Marc M. Barbier, Philippe P. Breucker, Hilde Eggermont, Philippe Gambette, et al.. Vers une approche semi-automatique pour la définition de motifs d'argumentation utilisés dans les résumés de projets scientifiques du domaine de la biodiversité. Revue des Nouvelles Technologies de l'Information, 2014, Fouille de Données et Humanités Numériques, RNTI-SHS-2 (2), pp.47-80. ⟨hal-01090607v2⟩

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2013

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Hyeran Lee, Philippe Gambette, Frederique Gayraud, Melissa Barkat-Defradas. Élaboration d'un outil d'évaluation des performances en dénomination pour les patients bilingues atteints de la maladie d'Alzheimer. Rééducation orthophonique, 2013, 253, pp.143-152. ⟨halshs-00779471⟩

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Philippe Gambette, William Martinez. L'affaire du Mediator au prisme de la textométrie. Texto ! Textes et Cultures, 2013, XVIII (4), pp.3318.1-3318.9. ⟨hal-00881639⟩

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Lionel Spinelli, Philippe Gambette, Charles E. Chapple, Benoît Robisson, Anaïs Baudot, et al.. Clust&See: A Cytoscape plugin for the identification, visualization and manipulation of network clusters. BioSystems, 2013, 113 (2), pp.91-93. ⟨10.1016/j.biosystems.2013.05.010⟩. ⟨hal-00832028v2⟩

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2012

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Philippe Gambette, Katharina Huber. On Encodings of Phylogenetic Networks of Bounded Level. Journal of Mathematical Biology, 2012, 65 (1), pp.157-180. ⟨10.1007/s00285-011-0456-y⟩. ⟨hal-00609130⟩

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Philippe Gambette, Vincent Berry, Christophe Paul. Quartets and Unrooted Phylogenetic Networks. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2012, 10 (4), pp.1250004.1-1250004.23. ⟨10.1142/S0219720012500047⟩. ⟨hal-00678046⟩

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Philippe Gambette, Núria Gala, Alexis Nasr. Longueur de branches et arbres de mots. Corpus, 2012, 11 (-), pp.129-146. ⟨hal-00822993⟩

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2011

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Philippe Gambette. Reconstruction combinatoire de réseaux phylogénétiques. Biosystema, 2011, 28, pp.85-92. ⟨hal-00637319⟩

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Philippe Gambette, Alain Guénoche. Bootstrap clustering for graph partitioning. RAIRO - Operations Research, 2011, 45 (4), pp.339-352. ⟨10.1051/ro/2012001⟩. ⟨hal-00676989⟩

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2010

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Christophe Crespelle, Philippe Gambette. Unrestricted and complete Breadth-First Search of trapezoid graphs in O(n) time. Information Processing Letters, 2010, 110, pp.497-502. ⟨10.1016/j.ipl.2010.03.015⟩. ⟨lirmm-00469844⟩

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2008

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Philippe Gambette, Daniel Huson. Improved Layout of Phylogenetic Networks. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2008, 5 (3), pp.472-479. ⟨10.1109/tcbb.2007.1046⟩. ⟨lirmm-00309694⟩

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Communication dans un congrès

2018

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Christine Barats, Anne Dister, Philippe Gambette, Jean-Marc Leblanc, Marie Pérès. Appeler à signer une pétition en ligne : caractéristiques linguistiques des appels. JADT 2018, Jun 2018, Rome, Italie. pp.68-75. ⟨hal-01775267⟩

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2017

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Nadège Lechevrel, Philippe Gambette. Corpus Biolographes version 1.0 : construire, analyser, cartographier. Colloque final du programme ANR/DFG Biolographes - Création littéraire et savoirs du vivant au XIXe siècle, Jan 2017, Paris, France. ⟨hal-01609282⟩

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2016

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Christine Barats, Anne Dister, Philippe Gambette, Jean-Marc Leblanc, Marie Pérès. Analyser des pétitions en ligne : potentialités et limites d'un dispositif d'étude pluridisciplinaire. JADT 2016, Jun 2016, Nice, France. pp.772-781. ⟨hal-01302218⟩

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2015

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Philippe Gambette, Andreas D.M. Gunawan, Anthony Labarre, Stéphane Vialette, Louxin Zhang. Solving the Tree Containment Problem for Genetically Stable Networks in Quadratic Time. IWOCA 2015, Oct 2015, Verona, Italy. pp.197-208, ⟨10.1007/978-3-319-29516-9_17⟩. ⟨hal-01226035⟩

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Philippe Gambette, Andreas D.M. Gunawan, Anthony Labarre, Stéphane Vialette, Louxin Zhang. Locating a Tree in a Phylogenetic Network in Quadratic Time. RECOMB 2015, Apr 2015, Varsovie, Poland. pp.96-107, ⟨10.1007/978-3-319-16706-0_12⟩. ⟨hal-01116231⟩

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2013

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Christophe Crespelle, Philippe Gambette. Linear-time Constant-ratio Approximation Algorithm and Tight Bounds for the Contiguity of Cographs. Seventh International Workshop on Algorithms and Computation, Feb 2013, Kharagpur, India. pp.126-136, ⟨10.1007/978-3-642-36065-7_13⟩. ⟨hal-00755257⟩

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2012

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Christophe Crespelle, Philippe Gambette. (Nearly-)Tight Bounds on the Linearity and Contiguity of Cographs. Bordeaux Graph Workshop, Nov 2012, France. pp.2. ⟨hal-00730247⟩

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2011

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Laurent Tichit, Philippe Gambette, Alain Guénoche. ModClust: a Cytoscape plugin for modularity-based clustering of networks. MARAMI 2011, Oct 2011, Grenoble, France. ⟨hal-01261856⟩

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2010

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Hyeran Lee, Philippe Gambette, Elsa Maillé, Constance Thuillier. Densidées : calcul automatique de la densité des idées dans un corpus oral. RECITAL'2010 : 12ième Rencontre des Étudiants Chercheurs en Informatique pour le Traitement Automatique des Langues, Jul 2010, Montréal, Canada. pp.1-10. ⟨halshs-00495768⟩

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Delphine Amstutz, Philippe Gambette. Utilisation de la visualisation en nuage arboré pour l'analyse littéraire. JADT'10: 10th International Conference on statistical analysis of textual data, Jun 2010, Rome, Italie. pp.12. ⟨lirmm-00448436⟩

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2009

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Christophe Crespelle, Philippe Gambette. Efficient Neighbourhood Encoding for Interval Graphs and Permutation Graphs and O(n) Breadth-First Search. IWOCA'09: 20th International Workshop on Combinatorial Algorithms, Jun 2009, Hradec nad Moravicí, Czech Republic. pp.146-157, ⟨10.1007/978-3-642-10217-2_17⟩. ⟨lirmm-00415935⟩

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Philippe Gambette, Vincent Berry, Christophe Paul. The Structure of Level-k Phylogenetic Networks. CPM: Combinatorial Pattern Matching, Jun 2009, Lille, France. pp.289-300, ⟨10.1007/978-3-642-02441-2_26⟩. ⟨lirmm-00371485⟩

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Thèse

2010

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Philippe Gambette. Méthodes combinatoires de reconstruction de réseaux phylogénétiques. Informatique [cs]. Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2010. Français. ⟨NNT : 2010MON20214⟩. ⟨tel-00608342⟩

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Poster de conférence

2016

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Philippe Gambette. Trouver un arbre de gène dans le réseau des espèces : le labyrinthe du vivant !. Fête de la Science 2016 - UPEM, Oct 2016, Champs-sur-Marne, France. ⟨hal-01379676⟩

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2014

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Hyeran Lee, Philippe Gambette, Melissa Barkat-Defradas. iPhocomp : calcul automatique de l’indice de complexité phonétique de Jakielski. JEP 2014, XXXè édition des Journées d'Etudes sur la Parole, Jun 2014, Le Mans, France. pp.622-630, 2014, Actes de la XXXe édition des Journées d'Etudes sur la Parole. ⟨hal-01277047⟩

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2012

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Melissa Barkat-Defradas, Frederique Gayraud, Hyeran Lee, Philippe Gambette. Estimation de la neutralité culturelle d'un ensemble d'images destinées à l'évaluation des performances en dénomination. Fédération nationale des Orthophonistes. Colloque international "Perspectives neuropsycholinguistiques sur l'aphasie", Jun 2012, Toulouse, France. L'aphasie chez le bilingue, pp.1-6, 2013. ⟨halshs-00779096⟩

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Pré-publication, Document de travail

2016

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Tushar Agarwal, Philippe Gambette, David Morrison. Who is Who in Phylogenetic Networks: Articles, Authors and Programs. 2016. ⟨hal-01376483⟩

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